Taxonomia dos fungos e oomicetos fitopatogênicos: o que mudou com a biologia molecular e a filogenômica?

Introdução

A taxonomia dos organismos tradicionalmente estudados pela Micologia e pela Fitopatologia passou por uma transformação profunda nas últimas décadas. O desenvolvimento do sequenciamento de DNA, da filogenética multilocus, da filogenômica e da comparação de genomas modificou a compreensão das relações evolutivas entre numerosos organismos causadores de doenças de plantas. Consequentemente, diversos grupos anteriormente tratados como unidades taxonômicas amplas passaram por subdivisões, reorganizações ou mudanças de nomenclatura (HIBBETT et al., 2007; GRÄFENHAN et al., 2011; LUMBSCH; HUHNDORF, 2010). (Annual Reviews)

Essa transformação é particularmente importante porque os organismos tradicionalmente chamados de "fungos fitopatogênicos" não constituem necessariamente uma única linhagem evolutiva. Os fungos verdadeiros pertencem ao Reino Fungi, enquanto organismos de grande importância para a Fitopatologia, como Phytophthora, Pythium, Peronospora e Plasmopara, pertencem aos Oomycota, um grupo distinto dos fungos verdadeiros. Apesar dessa diferença evolutiva, os organismos tratados como fungos são abrangidos pelas regras específicas do Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Fungos e Plantas (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

A mudança mais importante, portanto, não consiste simplesmente na substituição de nomes antigos por nomes novos. O que ocorreu foi uma transformação nos critérios utilizados para reconhecer e delimitar espécies. Características morfológicas continuam importantes, mas passaram a ser analisadas conjuntamente com dados moleculares, filogenéticos, ecológicos, fisiológicos e, em muitos grupos, genômicos (HIBBETT et al., 2007; HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Fungos verdadeiros e oomicetos: uma distinção fundamental

Os fungos verdadeiros pertencem ao Reino Fungi e incluem numerosos agentes de doenças de plantas, como espécies de Fusarium, Colletotrichum, Alternaria, Botrytis, Sclerotinia, Puccinia e Ustilago. Esses grupos apresentam características celulares, bioquímicas e evolutivas próprias dos fungos e estão distribuídos principalmente entre filos como Ascomycota e Basidiomycota (HIBBETT et al., 2007). (Annual Reviews)

Os oomicetos, por outro lado, apresentam características que historicamente levaram à sua associação com os fungos, como crescimento filamentoso, produção de esporos e participação em processos semelhantes de infecção vegetal. Entretanto, estudos filogenéticos demonstraram que eles pertencem a uma linhagem distinta, relacionada aos Stramenopila. Entre os principais gêneros fitopatogênicos encontram-se Phytophthora, Pythium, Globisporangium, Phytopythium, Peronospora, Plasmopara e Pseudoperonospora (WANG; GOVERS; WANG, 2026). (Nature)

Essa distinção é importante porque a semelhança morfológica entre fungos e oomicetos representa um caso clássico de convergência evolutiva. Assim, embora os dois grupos sejam estudados conjuntamente em muitas disciplinas de Fitopatologia, não devem ser tratados como pertencentes ao mesmo grupo taxonômico (WANG; GOVERS; WANG, 2026). (Nature)

Da morfologia à filogenia molecular

Durante grande parte da história da Fitopatologia, a identificação dos fungos foi baseada principalmente em características morfológicas, como forma e dimensão dos esporos, estruturas reprodutivas, septação das hifas, características das colônias e estruturas especializadas. Esses caracteres continuam importantes, especialmente quando associados a informações ecológicas e epidemiológicas, mas podem apresentar limitações quando espécies próximas são morfologicamente semelhantes (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

A introdução das técnicas de biologia molecular permitiu incorporar informações diretamente relacionadas ao material genético dos organismos. O sequenciamento de regiões como o ITS, associado a outros marcadores, tornou-se uma ferramenta fundamental para identificação e filogenia de fungos, embora a resolução do ITS varie consideravelmente entre os diferentes grupos taxonômicos (SCHOCH et al., 2012; NILSSON et al., 2019). (Annual Reviews)

Em grupos taxonomicamente complexos, a utilização de múltiplos genes pode ser necessária para distinguir espécies estreitamente relacionadas. Dessa forma, métodos como filogenia multilocus, análise de genes ortólogos e filogenômica passaram a complementar ou, em determinados grupos, superar a resolução obtida por um único marcador molecular (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

O princípio "One Fungus, One Name"

Uma das mudanças mais importantes na nomenclatura micológica ocorreu com o abandono do sistema que permitia nomes independentes para diferentes estados morfológicos de um mesmo fungo. Historicamente, o estado sexual era denominado teleomorfo e o estado assexual, anamorfo, podendo cada fase receber um nome científico diferente. Essa situação produzia dificuldades consideráveis para a comunicação científica e para a identificação dos agentes etiológicos (HAWKSWORTH, 2011; HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

A partir das decisões tomadas no Congresso Internacional de Botânica de Melbourne, em 2011, foi adotado o princípio de um fungo, um nome, eliminando a possibilidade de manter dois nomes independentes para diferentes morfos de uma mesma espécie. Essa mudança teve grande impacto em gêneros de importância fitopatológica, nos quais os nomes de estados anamórficos e teleomórficos eram utilizados paralelamente (HAWKSWORTH, 2011). (Annual Reviews)

A consequência prática foi a necessidade de revisar numerosos nomes utilizados tradicionalmente em Fitopatologia. O processo de escolha do nome apropriado passou a considerar princípios de prioridade, tipificação, filogenia e conservação ou rejeição de determinados nomes, conforme estabelecido pelo Código Internacional de Nomenclatura (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

O caso de Fusarium

O gênero Fusarium representa um dos exemplos mais importantes da transformação taxonômica dos fungos fitopatogênicos. Durante décadas, determinados estados sexuais associados a espécies de Fusarium foram classificados em gêneros diferentes, como Gibberella, o que refletia a antiga possibilidade de utilização de nomes independentes para diferentes estados do ciclo de vida (HAWKSWORTH, 2011). (Annual Reviews)

Com a adoção do princípio "One Fungus, One Name", a nomenclatura passou a utilizar um único nome para cada espécie, exigindo a revisão de numerosas combinações tradicionalmente empregadas na literatura fitopatológica. A mudança foi acompanhada pelo desenvolvimento de filogenias moleculares que também revelaram uma diversidade muito maior dentro de grupos tradicionalmente tratados como Fusarium (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

O chamado complexo Fusarium solani é um exemplo particularmente importante. Estudos filogenéticos demonstraram que o agrupamento tradicional abrangia diversas linhagens e espécies, e parte dessa diversidade passou a ser tratada no gênero Neocosmospora, de acordo com o conceito taxonômico adotado para o grupo (SANDOVAL-DENIS; CANO-LIRA, 2019). (Annual Reviews)

Essa situação demonstra por que o nome encontrado em um artigo antigo não deve ser automaticamente interpretado como equivalente ao nome atualmente aceito. Para recuperar corretamente a literatura científica, é necessário conhecer os sinônimos e as combinações nomenclaturais históricas associadas ao organismo estudado (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Fusarium oxysporum: um complexo de espécies

Outro exemplo relevante é o complexo de espécies associado a Fusarium oxysporum. Durante muito tempo, diversos isolados fitopatogênicos foram reunidos em uma espécie extremamente ampla, muitas vezes diferenciados por formas especiais, raças ou hospedeiros (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

O desenvolvimento da filogenia molecular demonstrou que o complexo contém uma diversidade genética considerável e que diferentes linhagens podem apresentar histórias evolutivas distintas. Como consequência, estudos recentes passaram a reconhecer espécies distintas dentro de grupos anteriormente reunidos sob o nome F. oxysporum (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

Um exemplo importante é o agente associado à doença de Panamá da bananeira. Estudos filogenéticos e morfológicos contribuíram para o reconhecimento de Fusarium odoratissimum entre os grupos associados à doença de Panamá, incluindo isolados relacionados à denominada raça tropical 4 (TR4) (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

Esse exemplo demonstra a necessidade de separar conceitos como espécie, forma especial, raça fisiológica e linhagem. Uma raça fisiológica ou forma especial é uma categoria relacionada à biologia da interação patógeno–hospedeiro e não deve ser automaticamente interpretada como equivalente a uma espécie taxonômica (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

O caso de Colletotrichum

O gênero Colletotrichum constitui outro exemplo clássico da revolução provocada pela taxonomia molecular. Muitas espécies tradicionalmente identificadas com base em características morfológicas e hospedeiro revelaram-se complexos constituídos por múltiplas espécies filogeneticamente relacionadas (CANNON et al., 2012; HYDE et al., 2014). (Annual Reviews)

Entre os grupos mais importantes encontram-se os complexos de espécies Colletotrichum gloeosporioides, C. acutatum, C. truncatum e C. boninense. Dentro desses complexos, espécies diferentes podem apresentar elevada similaridade morfológica, tornando a identificação baseada exclusivamente em caracteres fenotípicos particularmente difícil (HYDE et al., 2014). (Annual Reviews)

A utilização de sequências associadas a espécimes-tipo tornou-se especialmente importante nesse contexto. Kennedy et al. (2022) demonstraram que sequências de referência corretamente associadas a material-tipo são essenciais para a identificação molecular confiável de espécies de Colletotrichum e para aplicações relacionadas à proteção de plantas. (Annual Reviews)

Por isso, uma sequência de ITS que apresente elevada similaridade com uma sequência depositada em um banco de dados não deve, isoladamente, ser interpretada como prova definitiva da identidade específica de um isolado. A confiabilidade depende da qualidade da sequência, da procedência do material de referência, da cobertura taxonômica e, quando necessário, da utilização de outros marcadores e análises filogenéticas (KENNEDY et al., 2022). (Annual Reviews)

O caso de Pythium

Entre os oomicetos, Pythium representa um dos exemplos mais expressivos de reorganização taxonômica. O gênero tradicionalmente reunia um grande número de espécies associadas a podridões radiculares, tombamento de plântulas, doenças de sementes e outros problemas agrícolas, mas análises filogenéticas demonstraram que o agrupamento era muito heterogêneo (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

O desenvolvimento de filogenias moleculares levou à reorganização de grupos anteriormente tratados como Pythium e à utilização de gêneros como Globisporangium e Phytopythium. Essa reorganização modificou diversos nomes encontrados em trabalhos de Fitopatologia publicados antes da consolidação da taxonomia molecular dos oomicetos (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

Assim, espécies anteriormente identificadas como Pythium podem atualmente pertencer a outros gêneros, dependendo do grupo taxonômico considerado. Essa mudança demonstra que o nome de um gênero encontrado em literatura histórica deve ser interpretado dentro do contexto taxonômico vigente no momento em que o trabalho foi publicado (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

Phytophthora: uma taxonomia em expansão

O gênero Phytophthora possui importância central para a Fitopatologia por incluir agentes de doenças economicamente relevantes, como P. infestans, P. sojae, P. capsici, P. palmivora e P. nicotianae. A expansão do sequenciamento e das análises filogenéticas aumentou consideravelmente o conhecimento sobre a diversidade desse gênero (ABAD et al., 2023). (Nature)

Abad et al. (2023) realizaram uma revisão abrangente da taxonomia de Phytophthora, integrando características morfológicas e dados moleculares, além de revisar materiais-tipo e referências utilizadas para identificação das espécies. O trabalho representa uma importante tentativa de estabelecer uma estrutura taxonômica mais robusta para um dos grupos de maior importância fitopatológica (ABAD et al., 2023). (Nature)

A utilização de sequências associadas a materiais-tipo ou outros materiais nomenclaturalmente vinculados à espécie é particularmente importante para Phytophthora. Comparar um isolado desconhecido com uma sequência arbitrariamente depositada em um banco de dados pode produzir identificações incorretas quando o registro de referência estiver mal identificado ou representar um conceito taxonômico diferente (ABAD et al., 2023). (Nature)

Os míldios e a revisão das relações filogenéticas

Os agentes dos míldios pertencem aos Oomycota e incluem gêneros como Peronospora, Plasmopara, Pseudoperonospora, Bremia e Hyaloperonospora. A taxonomia desses organismos também foi profundamente modificada pela utilização de dados moleculares, que revelaram relações evolutivas nem sempre correspondentes às classificações morfológicas tradicionais (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

A especificidade de hospedeiro também possui papel importante na interpretação desses grupos. Estudos filogenéticos demonstraram que organismos morfologicamente semelhantes podem apresentar diferenças relevantes em suas relações evolutivas e em sua associação com determinados hospedeiros, contribuindo para o reconhecimento de espécies e linhagens distintas (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

O caso dos míldios demonstra, portanto, que características como hospedeiro, morfologia e sintomas continuam relevantes, mas não devem ser utilizadas isoladamente para estabelecer a identidade taxonômica de uma espécie. A integração de dados morfológicos e moleculares proporciona uma base mais robusta para a classificação desses organismos (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

O novo Madrid Code

Uma atualização importante para a nomenclatura de fungos ocorreu em 2025 com a publicação do Madrid Code, atualmente a edição vigente do International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants. O Código foi publicado em 21 de julho de 2025 e substituiu o Shenzhen Code de 2018, incorporando as decisões do XX Congresso Internacional de Botânica realizado em Madrid em 2024 (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

O Código estabelece as regras internacionais para a nomenclatura dos organismos abrangidos por seu escopo. No caso dos organismos tratados como fungos, existe ainda um capítulo específico, denominado Chapter F, cuja versão atual foi atualizada no Congresso Internacional de Micologia realizado em Maastricht em 2024 (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

É importante destacar que o fato de os oomicetos serem contemplados no sistema de nomenclatura associado ao Código não significa que eles sejam classificados evolutivamente como fungos verdadeiros. A nomenclatura e a classificação filogenética são conceitos relacionados, mas não equivalentes (TURLAND et al., 2025; WANG; GOVERS; WANG, 2026). (IAPT)

Por que essas mudanças são importantes para o diagnóstico fitopatológico?

A atualização taxonômica possui consequências práticas para laboratórios de diagnóstico. Alterações de gênero ou espécie podem modificar a interpretação de resultados de sequenciamento, a escolha de sequências de referência, a construção de bancos de dados e a recuperação da literatura científica associada a determinado patógeno (HAWKSWORTH et al., 2015; KENNEDY et al., 2022). (Annual Reviews)

Em um diagnóstico molecular, por exemplo, não é suficiente obter uma sequência e realizar uma busca de similaridade. É necessário avaliar a qualidade da sequência, a identidade taxonômica das referências utilizadas, a associação das sequências aos materiais-tipo e a posição do isolado em uma filogenia adequada ao grupo estudado (KENNEDY et al., 2022; ABAD et al., 2023). (Nature)

Uma abordagem contemporânea pode ser representada pela sequência sintoma → hospedeiro → observação microscópica → isolamento → caracterização morfológica → extração de DNA → marcador molecular apropriado → comparação com referências confiáveis → filogenia → consulta à nomenclatura atual. A integração dessas etapas reduz o risco de atribuir um nome taxonômico inadequado ao organismo diagnosticado (HAWKSWORTH et al., 2015; ABAD et al., 2023). (Nature)

Como interpretar nomes antigos?

A existência de nomes históricos diferentes para um mesmo organismo é uma consequência natural da evolução da taxonomia. Um artigo antigo pode utilizar um nome que posteriormente foi transferido para outro gênero, considerado sinônimo ou substituído após a revisão do conceito da espécie (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Por essa razão, a leitura da literatura fitopatológica exige atenção aos sinônimos taxonômicos. Ao encontrar um nome antigo, o pesquisador deve verificar sua situação nomenclatural atual e, quando necessário, utilizar simultaneamente o nome histórico e o nome atualmente aceito para recuperar adequadamente a literatura científica (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

Bases de dados taxonômicas

A utilização de bases de dados especializadas tornou-se fundamental para acompanhar as mudanças taxonômicas. Para fungos, recursos como MycoBank, Index Fungorum, Species Fungorum e UNITE fornecem informações complementares sobre nomenclatura, espécies, sinônimos e sequências utilizadas na identificação molecular (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Para os oomicetos, especialmente Phytophthora, bases e recursos especializados são igualmente importantes, pois permitem relacionar nomes taxonômicos a isolados, sequências, materiais-tipo e estudos filogenéticos. A revisão de Abad et al. (2023) destaca justamente a importância de referências moleculares confiáveis para a identificação das espécies de Phytophthora (ABAD et al., 2023). (Nature)

Considerações finais

As mudanças na taxonomia dos fungos e oomicetos fitopatogênicos representam uma transformação científica muito mais profunda do que uma simples alteração de nomes. Elas refletem a incorporação de novas evidências evolutivas, principalmente provenientes da biologia molecular, da filogenética multilocus e da filogenômica (HAWKSWORTH et al., 2015; TURLAND et al., 2025). (Annual Reviews)

Os exemplos de Fusarium, Colletotrichum, Pythium, Phytophthora e dos míldios demonstram que grupos tradicionalmente definidos com base em morfologia, hospedeiro ou características fisiológicas podem apresentar diversidade evolutiva muito maior do que aquela reconhecida originalmente (ABAD et al., 2023; KENNEDY et al., 2022; THINES; CHOI, 2016). (Nature)

Para a Fitopatologia moderna, a identificação de um agente etiológico deve, portanto, ser acompanhada da verificação de seu posicionamento taxonômico atual. Isso exige integração entre características morfológicas, informações sobre o hospedeiro, dados moleculares, filogenia e consulta a fontes nomenclaturais atualizadas (HAWKSWORTH et al., 2015; ABAD et al., 2023). (Nature)

A principal mudança de paradigma pode ser resumida da seguinte maneira: não basta mais perguntar qual é o nome tradicional do patógeno; é necessário determinar qual conceito taxonômico é atualmente aceito, quais evidências sustentam sua identidade e quais nomes históricos devem ser considerados para interpretar corretamente a literatura científica (TURLAND et al., 2025; KENNEDY et al., 2022). (IAPT)

Referências

ABAD, Z. G. et al. Phytophthora: taxonomic and phylogenetic revision of the genus. Studies in Mycology, v. 106, p. 259–348, 2023. DOI: 10.3114/sim.2023.106.05. (Nature)

HAWKSWORTH, D. L. A new dawn for the naming of fungi: impacts of decisions made in Melbourne in July 2011 on the future publication and regulation of fungal names. IMA Fungus, v. 2, n. 2, p. 155–162, 2011. (Annual Reviews)

HAWKSWORTH, D. L. et al. Identifying and naming plant-pathogenic fungi: past, present, and future. Annual Review of Phytopathology, v. 53, p. 247–267, 2015. DOI: 10.1146/annurev-phyto-080614-120245. (Annual Reviews)

KENNEDY, A. H. et al. Publicly available and validated DNA reference sequences are critical to fungal identification and global plant protection efforts: a use-case in Colletotrichum. Plant Disease, v. 106, n. 6, p. 1573–1596, 2022. DOI: 10.1094/PDIS-09-21-2083-SR. (Annual Reviews)

LÉVESQUE, C. A.; DE COCK, A. W. A. M. Molecular phylogeny and taxonomy of the genus Pythium. Mycological Research, v. 108, n. 12, p. 1363–1383, 2004. (Nature)

MARYANI, N. et al. New endemic Fusarium species hitch-hiking with pathogenic Fusarium strains causing Panama disease in small-holder banana plots in Indonesia. Persoonia, v. 43, p. 48–69, 2019. (Annual Reviews)

SCHOCH, C. L. et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 109, n. 16, p. 6241–6246, 2012. (Annual Reviews)

THINES, M.; CHOI, Y.-J. Evolution, diversity, and taxonomy of the Peronosporaceae, with focus on the genus Peronospora. Phytopathology, v. 106, n. 1, p. 6–20, 2016. DOI: 10.1094/PHYTO-05-15-0127-RVW. (Nature)

TURLAND, N. J. et al. (ed.). International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Madrid Code). Regnum Vegetabile, v. 162. [S. l.]: International Association for Plant Taxonomy; University of Chicago Press, 2025. DOI: 10.7208/chicago/9780226839479.001.0001. (IAPT)

WANG, Y.; GOVERS, F.; WANG, Y. Oomycete plant pathogens: biology, pathogenesis and emerging control strategies. Nature Reviews Microbiology, v. 24, p. 270–287, 2026. DOI: 10.1038/s41579-025-01248-w. (Nature)

LAMP na identificação de fungos fitopatogênicos: princípios, aplicações e perspectivas para o diagnóstico rápido de doenças de plantas

 

Introdução

O diagnóstico rápido e confiável de fungos fitopatogênicos é uma etapa fundamental para a tomada de decisão em programas de manejo de doenças de plantas. Métodos tradicionais baseados em sintomas, isolamento, características culturais e identificação morfológica continuam sendo importantes, mas podem demandar tempo e, em determinados grupos, apresentar limitações para discriminar espécies morfologicamente semelhantes. Nesse contexto, métodos moleculares baseados na amplificação de ácidos nucleicos passaram a ocupar posição estratégica no diagnóstico fitossanitário (NÉMETH; KOVÁCS, 2025; YANG et al., 2025). (PubMed Central (PMC))

Entre as tecnologias desenvolvidas para acelerar a detecção de patógenos destaca-se a LAMP — Loop-mediated Isothermal Amplification, ou amplificação isotérmica mediada por alça. A técnica foi descrita originalmente por Notomi et al. (2000) como um método de amplificação de DNA realizado sob temperatura constante, utilizando uma DNA polimerase com atividade de deslocamento de fita e um conjunto de primers capazes de reconhecer múltiplas regiões do DNA-alvo (NOTOMI et al., 2000). (PubMed Central (PMC))

Nas duas últimas décadas, a LAMP foi adaptada para a detecção de diversos grupos de fitopatógenos. Uma revisão publicada em 2025 identificou aplicações da técnica para fungos e oomicetos fitopatogênicos envolvendo detecção, identificação, monitoramento, substituição de métodos baseados em cultivo e até detecção de determinadas alterações genéticas (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Para a Fitopatologia, a principal característica da LAMP é a possibilidade de realizar amplificação de DNA sem a necessidade de um termociclador convencional. Isso abre perspectivas para diagnóstico descentralizado, análises em campo e sistemas de detecção próximos ao local de produção, desde que o ensaio tenha sido adequadamente validado quanto à especificidade, sensibilidade e robustez (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

O que é a técnica LAMP?

A LAMP é uma técnica de amplificação isotérmica de ácidos nucleicos. Diferentemente da PCR convencional, que depende de ciclos sucessivos de desnaturação, anelamento e extensão em diferentes temperaturas, a LAMP realiza a amplificação em uma faixa de temperatura aproximadamente constante, utilizando uma DNA polimerase com atividade de deslocamento de fita (NOTOMI et al., 2000). (PubMed)

O sistema originalmente descrito utiliza quatro primers principais — F3, B3, FIP e BIP — que reconhecem seis regiões distintas do DNA-alvo. Essa arquitetura molecular contribui para a especificidade da reação, pois a amplificação depende do reconhecimento de múltiplas sequências no alvo (NOTOMI et al., 2000). (DOI)

Posteriormente, foram incorporados primers adicionais, denominados loop primers, que podem acelerar a amplificação ao fornecerem regiões adicionais para iniciação da síntese. Assim, ensaios LAMP modernos podem utilizar seis primers, dependendo do desenho experimental e da finalidade do teste (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Durante a reação, são formadas estruturas de DNA em formato de alça, que servem como substratos para ciclos sucessivos de síntese e deslocamento de fita. O processo produz grandes quantidades de DNA amplificado e estruturas moleculares características da LAMP, permitindo a detecção do produto por diferentes estratégias (NOTOMI et al., 2000; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (DOI)

Por que a LAMP é interessante para a Fitopatologia?

A principal vantagem da LAMP para o diagnóstico fitopatológico está na combinação entre amplificação isotérmica, rapidez, sensibilidade, especificidade e menor dependência de equipamentos sofisticados. Essa combinação permite imaginar sistemas de diagnóstico mais próximos do campo e de laboratórios com infraestrutura molecular limitada (NÉMETH; KOVÁCS, 2025; YANG et al., 2025). (Frontiers)

A técnica também pode apresentar elevada sensibilidade. Em estudos específicos com fungos e oomicetos fitopatogênicos, ensaios LAMP apresentaram limites de detecção muito baixos, embora esses valores sejam dependentes do organismo, do gene-alvo, do desenho dos primers, da qualidade da amostra e do método de extração de DNA (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Outro aspecto importante é a possibilidade de visualização do resultado sem necessariamente utilizar um equipamento sofisticado de PCR em tempo real. Diferentes sistemas podem ser empregados para revelar a amplificação, incluindo corantes, indicadores de mudança de cor, fluorescência, turbidez e eletroforese em gel (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

Essa característica torna a LAMP particularmente interessante para situações nas quais a pergunta diagnóstica precisa ser respondida rapidamente, como triagem de material vegetal, monitoramento de áreas de produção, detecção precoce de patógenos ou análises fitossanitárias próximas ao local de coleta (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

LAMP não é simplesmente uma "PCR sem termociclador"

Embora seja comum apresentar a LAMP como uma alternativa simples à PCR, mecanisticamente as duas técnicas são diferentes. A PCR utiliza ciclos térmicos para separar as fitas de DNA e permitir a extensão dos primers, enquanto a LAMP utiliza uma polimerase com atividade de deslocamento de fita e uma arquitetura de primers que permite a amplificação contínua em temperatura aproximadamente constante (NOTOMI et al., 2000). (DOI)

Essa diferença tem consequências práticas. A LAMP pode dispensar o termociclador convencional, mas isso não significa que qualquer reação possa ser realizada simplesmente aquecendo DNA em uma temperatura fixa. O desempenho depende do desenho dos primers, da escolha da região-alvo, da composição da reação, da atividade enzimática, da temperatura e da qualidade do material analisado (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

A escolha do alvo molecular é uma etapa crítica

A identificação molecular de um fungo depende inicialmente da escolha de uma região do genoma que apresente características adequadas para discriminar o organismo de interesse. O alvo deve possuir regiões suficientemente conservadas para permitir o desenho dos primers, mas também diferenças suficientes para distinguir o patógeno de organismos próximos (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Em fungos, regiões do DNA ribossomal, genes codificadores de proteínas e marcadores específicos de determinadas espécies ou grupos podem ser utilizados, dependendo do objetivo do diagnóstico. A região ITS é amplamente utilizada na identificação molecular de fungos, mas não apresenta resolução suficiente para todos os grupos; por isso, outros marcadores podem ser necessários em espécies filogeneticamente próximas (SCHOCH et al., 2012; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

A LAMP acrescenta uma exigência importante: o alvo precisa apresentar uma arquitetura adequada para acomodar múltiplos sítios de ligação dos primers. Por isso, uma região adequada para PCR convencional não é necessariamente adequada para o desenvolvimento de um ensaio LAMP específico (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

O desenho dos primers é o coração da LAMP

O desenho de primers é uma das etapas mais críticas para o desenvolvimento de um ensaio LAMP. Os primers internos e externos devem reconhecer diferentes regiões do alvo e apresentar características de sequência compatíveis com a amplificação isotérmica (NOTOMI et al., 2000; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (DOI)

A utilização de múltiplos primers aumenta a especificidade potencial da reação, mas também torna o desenho experimental mais complexo do que em uma PCR convencional. Pequenas alterações na escolha das regiões-alvo podem modificar significativamente a eficiência da amplificação e a possibilidade de ocorrência de produtos inespecíficos (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Por essa razão, o desenvolvimento de um ensaio LAMP deve envolver análise in silico das sequências disponíveis, avaliação da variabilidade genética do patógeno e comparação com organismos filogeneticamente próximos. Esse procedimento é particularmente importante para gêneros que apresentam complexos de espécies, como Fusarium, Colletotrichum e Phytophthora (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Como detectar o produto da LAMP?

Uma das características mais interessantes da LAMP é a variedade de formas disponíveis para visualizar o resultado. Dependendo do desenho do ensaio, a amplificação pode ser acompanhada por fluorescência, turbidez, eletroforese ou indicadores colorimétricos (YANG et al., 2025). (APS Journals)

Indicadores como hydroxynaphthol blue (HNB) foram utilizados em ensaios destinados à detecção de fungos fitopatogênicos. A mudança de coloração permite distinguir visualmente reações positivas e negativas, eliminando, em determinadas aplicações, a necessidade de eletroforese para uma primeira interpretação do resultado (GHOSH et al., 2015). (PubMed Central (PMC))

Outro caminho consiste na utilização de corantes fluorescentes ou sistemas de detecção em tempo real. Essa estratégia permite acompanhar a amplificação durante a reação e pode fornecer informações adicionais sobre a cinética do ensaio, embora normalmente exija algum equipamento específico (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Exemplo 1: Fusarium oxysporum f. sp. ciceris

Um exemplo clássico da aplicação da LAMP em Fitopatologia foi desenvolvido para Fusarium oxysporum f. sp. ciceris, agente associado à murcha de Fusarium do grão-de-bico. O problema diagnóstico nesse patossistema é agravado pelo fato de outros patógenos habitantes do solo poderem produzir sintomas semelhantes, dificultando a identificação exclusivamente no campo (GHOSH et al., 2015). (PubMed Central (PMC))

O ensaio desenvolvido por Ghosh et al. (2015) utilizou como alvo uma região do gene EF-1α e empregou HNB para visualização. Nas condições avaliadas pelos autores, a reação foi otimizada a 63 °C durante 60 minutos, e o limite de detecção relatado foi de 10 fg de DNA genômico por reação, enquanto a PCR convencional apresentou limite de 100 pg nas condições comparadas (GHOSH et al., 2015). (PubMed Central (PMC))

Esse estudo é particularmente interessante porque demonstra a possibilidade de combinar um marcador molecular com uma detecção visual relativamente simples. Entretanto, os valores de sensibilidade apresentados em um estudo específico não devem ser generalizados para todos os ensaios LAMP, pois o desempenho depende do alvo, dos primers, da matriz e das condições experimentais (GHOSH et al., 2015; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Exemplo 2: Botrytis cinerea

A LAMP também foi desenvolvida para Botrytis cinerea, agente causal do mofo-cinzento em diversas espécies vegetais. Duan et al. (2014) desenvolveram um ensaio direcionado à sequência Bcos5, utilizando HNB para visualização do resultado (DUAN et al., 2014). (PLOS)

Nas condições descritas pelos autores, a reação apresentou temperatura ótima de 63 °C e duração de 45 minutos. Amostras contendo DNA de B. cinerea produziram mudança característica de coloração, enquanto controles sem DNA do patógeno e amostras contendo DNA de outros fungos fitopatogênicos não apresentaram o mesmo resultado (DUAN et al., 2014). (PLOS)

Esse exemplo demonstra uma das aplicações mais interessantes da LAMP: transformar uma questão molecular — "o DNA do patógeno está presente?" — em uma resposta visual que pode ser obtida em tempo relativamente curto (DUAN et al., 2014; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PLOS)

Exemplo 3: Phytophthora infestans

Embora Phytophthora infestans seja um oomiceto e não um fungo verdadeiro, ele constitui um excelente exemplo de aplicação da LAMP em Fitopatologia. O agente causal da requeima da batata e do tomate foi alvo de diferentes ensaios LAMP destinados à detecção rápida em tecidos vegetais (KHAN et al., 2017; SI AMMOUR et al., 2017). (Frontiers)

Khan et al. (2017) desenvolveram uma LAMP direcionada ao gene Ypt1 de P. infestans. No estudo, a técnica apresentou maior sensibilidade que os métodos de PCR comparados e não apresentou reação cruzada com as espécies e organismos avaliados pelos autores (KHAN et al., 2017). (Frontiers)

Outro estudo desenvolveu ensaios isotérmicos em tempo real direcionados à região ITS2 do DNA ribossomal de P. infestans e avaliou sua utilização diretamente em folhas de batata. Os autores relataram detecção do patógeno em folhas sem sintomas até 24 horas após a inoculação experimental, demonstrando o potencial da técnica para diagnóstico precoce (SI AMMOUR et al., 2017). (PubMed)

É importante, entretanto, observar uma limitação relevante desse último estudo: os ensaios apresentaram reação também com algumas espécies de Phytophthora filogeneticamente próximas. Portanto, "detectar P. infestans" não é automaticamente equivalente a "distinguir P. infestans de todas as espécies próximas" — a especificidade deve sempre ser demonstrada experimentalmente contra o painel adequado de organismos relacionados (SI AMMOUR et al., 2017). (PubMed)

LAMP para diagnóstico antes do aparecimento dos sintomas

Uma das aplicações mais promissoras da técnica é a detecção do patógeno em fases iniciais da infecção. Em diversas doenças, os sintomas visíveis surgem apenas depois que o patógeno já se estabeleceu e se multiplicou no hospedeiro, criando uma janela na qual o diagnóstico molecular pode ser realizado antes que a doença seja facilmente reconhecida visualmente (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Revisões recentes relatam aplicações de LAMP para detecção precoce de diferentes fungos e oomicetos, incluindo espécies de Puccinia, Sporisorium, Fusarium e Phytophthora. Em determinados estudos, o patógeno pôde ser detectado antes da manifestação evidente dos sintomas (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Essa característica pode ser particularmente relevante para doenças de difícil manejo após o estabelecimento da epidemia. A detecção precoce pode fornecer informação para tomada de decisão, monitoramento de focos e avaliação da presença do patógeno em material aparentemente assintomático, embora a utilidade prática dependa da validação do teste e do contexto epidemiológico (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

LAMP não substitui automaticamente o isolamento e a identificação clássica

Apesar de suas vantagens, a LAMP não deve ser interpretada como substituta universal dos métodos convencionais. A detecção de DNA demonstra a presença do material genético correspondente ao alvo, mas não necessariamente demonstra que o organismo esteja viável ou que seja o agente causal dos sintomas observados (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Em determinadas situações, o isolamento continua sendo necessário para obter uma cultura, realizar caracterização fenotípica, estudar patogenicidade, obter material para sequenciamento ou manter uma coleção de referência. Da mesma maneira, a demonstração de causalidade pode exigir experimentos adicionais, especialmente quando o patógeno é detectado em tecidos assintomáticos ou quando existem organismos relacionados que podem colonizar o mesmo hospedeiro (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Assim, a LAMP deve ser entendida como uma ferramenta molecular de diagnóstico, e não como uma metodologia que, isoladamente, resolve todas as etapas da diagnose fitopatológica. Seu maior valor está na integração com informações epidemiológicas, sintomatológicas, morfológicas e, quando necessário, métodos moleculares complementares (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

Especificidade: o ponto crítico

A elevada especificidade potencial da LAMP é uma de suas principais vantagens, mas também representa um desafio. Como a reação utiliza múltiplos sítios de reconhecimento, o desenho inadequado dos primers pode resultar em amplificação inespecífica ou dificultar a interpretação do ensaio (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

A validação da especificidade deve incluir não apenas isolados do organismo-alvo, mas também organismos filogeneticamente próximos, patógenos que ocorrem no mesmo hospedeiro e, quando relevante, microrganismos que podem estar presentes na mesma matriz vegetal ou no solo (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed Central (PMC))

Esse cuidado é especialmente importante em gêneros como Fusarium, Colletotrichum e Phytophthora, nos quais espécies estreitamente relacionadas podem compartilhar regiões genômicas muito semelhantes. Um ensaio aparentemente específico quando testado contra poucos organismos pode apresentar reação cruzada quando ampliado para um painel taxonomicamente mais representativo (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Sensibilidade não é sinônimo de eficiência diagnóstica

A LAMP pode apresentar elevada sensibilidade analítica, mas um limite de detecção extremamente baixo não garante, por si só, um diagnóstico superior. O desempenho diagnóstico também depende da coleta da amostra, extração do DNA, presença de inibidores, distribuição espacial do patógeno, qualidade dos controles e especificidade do alvo (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

Tecidos vegetais podem conter compostos capazes de interferir em reações de amplificação. Por isso, métodos de extração simplificados precisam ser validados especificamente para cada matriz vegetal e para o patógeno investigado, principalmente quando se pretende levar a LAMP para condições de campo (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

No estudo de P. infestans, por exemplo, um método de preparação rápida de extrato vegetal bruto foi desenvolvido para testes no local de coleta, e os autores verificaram que o ensaio LAMP manteve desempenho adequado na presença da matriz vegetal avaliada (SI AMMOUR et al., 2017). (PubMed)

Um fluxo de diagnóstico utilizando LAMP

Um fluxo conceitual para aplicação da LAMP em um laboratório de Fitopatologia pode começar com a coleta de tecido vegetal representativo, seguida pela preparação da amostra e extração ou liberação do DNA. O DNA obtido é então submetido ao ensaio LAMP desenvolvido especificamente para o organismo-alvo, com controles apropriados para permitir a interpretação da reação (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

A interpretação deve considerar simultaneamente o controle positivo, o controle negativo, o controle de extração e, quando necessário, controles para monitorar inibição da reação. Essa estrutura é particularmente importante porque uma reação positiva em uma amostra vegetal não deve ser interpretada isoladamente, sem verificar se o sistema analítico funcionou adequadamente (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

Em uma rotina diagnóstica, a LAMP pode funcionar como método de triagem rápida, enquanto amostras positivas podem ser submetidas posteriormente a métodos confirmatórios, como PCR convencional, qPCR, sequenciamento ou isolamento, dependendo da finalidade do diagnóstico (YANG et al., 2025). (APS Journals)

LAMP, PCR e qPCR: qual a diferença?

A PCR convencional continua sendo uma das principais ferramentas da diagnose molecular de fitopatógenos porque permite amplificação específica seguida de diferentes estratégias de análise. A LAMP diferencia-se principalmente pela amplificação isotérmica e pelo uso de múltiplos primers, enquanto a qPCR permite acompanhar a amplificação em tempo real e, quando adequadamente calibrada, realizar quantificação relativa ou absoluta (YANG et al., 2025). (APS Journals)

A qPCR apresenta vantagens importantes para estudos quantitativos e análises que exigem maior controle da cinética da reação, mas geralmente demanda equipamentos e reagentes mais sofisticados. A LAMP pode apresentar uma infraestrutura mais simples e, por isso, possui potencial para aplicações descentralizadas e testes próximos ao campo (NÉMETH; KOVÁCS, 2025; YANG et al., 2025). (Frontiers)

Portanto, não existe uma técnica universalmente superior. A escolha deve considerar a pergunta diagnóstica, o nível de especificidade necessário, a necessidade de quantificação, a infraestrutura disponível, o tipo de amostra e a finalidade do resultado (YANG et al., 2025). (APS Journals)

Limitações da LAMP

Apesar das vantagens, a LAMP apresenta limitações importantes. A primeira está relacionada ao desenho dos primers, que é mais complexo do que em uma PCR convencional. A segunda envolve o risco de contaminação, particularmente porque a reação pode gerar grande quantidade de produto amplificado (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

A elevada quantidade de amplicons produzida durante a reação aumenta a necessidade de organização física e operacional do laboratório. A abertura de tubos após a amplificação pode facilitar a dispersão de produtos amplificados e aumentar o risco de contaminação de reações subsequentes, podendo gerar resultados falso-positivos (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Outro problema é a possibilidade de amplificação inespecífica. A interpretação visual por mudança de cor, embora seja extremamente conveniente, pode ser menos informativa do que sistemas que permitem caracterizar diretamente o produto amplificado. Por isso, a validação do método deve estabelecer claramente critérios de positividade e, quando necessário, utilizar métodos confirmatórios (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

O futuro: diagnóstico molecular no campo

A evolução da LAMP está ocorrendo em direção a sistemas cada vez mais portáteis. Plataformas de detecção em tempo real, dispositivos miniaturizados, sistemas microfluídicos e integração com tecnologias de análise digital estão sendo estudados para aproximar a diagnose molecular do local de produção (NÉMETH; KOVÁCS, 2025; YANG et al., 2025). (Frontiers)

Outra perspectiva é a combinação da amplificação isotérmica com tecnologias de reconhecimento molecular, incluindo sistemas baseados em CRISPR/Cas. Revisões recentes descrevem a integração de LAMP com CRISPR como uma possibilidade para aumentar a especificidade da detecção e desenvolver plataformas de diagnóstico molecular de menor infraestrutura (YANG et al., 2025; WANG et al., 2026). (APS Journals)

Para a Fitopatologia, essas tecnologias podem contribuir para uma mudança importante: sair de um modelo no qual a identificação do patógeno depende exclusivamente de laboratórios centralizados e caminhar para sistemas nos quais parte da triagem molecular possa ser realizada próxima ao campo, com posterior confirmação laboratorial quando necessário (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (PubMed)

Considerações finais

A LAMP representa uma das principais alternativas de amplificação isotérmica aplicadas ao diagnóstico de fitopatógenos. Sua combinação de amplificação em temperatura constante, múltiplos sítios de reconhecimento, rapidez e possibilidade de detecção visual torna a técnica particularmente interessante para a identificação de fungos e oomicetos fitopatogênicos (NOTOMI et al., 2000; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (DOI)

Os exemplos de Fusarium oxysporum f. sp. ciceris, Botrytis cinerea e Phytophthora infestans demonstram que a tecnologia já foi adaptada para diferentes patossistemas e pode apresentar elevada sensibilidade e especificidade quando adequadamente desenvolvida e validada (GHOSH et al., 2015; DUAN et al., 2014; KHAN et al., 2017; SI AMMOUR et al., 2017). (PubMed Central (PMC))

Entretanto, a LAMP não deve ser considerada uma substituta automática da PCR, da qPCR, do isolamento ou da identificação morfológica. A técnica é mais bem compreendida como uma ferramenta que pode integrar uma estratégia diagnóstica multimodal, particularmente útil quando rapidez, simplicidade e possibilidade de utilização fora de laboratórios altamente equipados são prioridades (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

O desenvolvimento de um bom ensaio LAMP depende, sobretudo, da escolha correta do alvo molecular, do desenho criterioso dos primers, da avaliação de especificidade contra organismos próximos, da determinação do limite de detecção, da validação em diferentes matrizes vegetais e da utilização de controles adequados. Portanto, a qualidade de um diagnóstico LAMP não está apenas na velocidade da amplificação, mas na robustez do sistema diagnóstico como um todo (NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (Frontiers)

Para a Fitopatologia aplicada, a perspectiva mais interessante talvez esteja na integração entre LAMP, extração simplificada de DNA, dispositivos portáteis e análise digital, permitindo que a informação molecular seja obtida cada vez mais próxima do local onde a doença está ocorrendo. Essa possibilidade poderá fortalecer programas de monitoramento, detecção precoce e tomada de decisão fitossanitária, desde que os ensaios sejam rigorosamente validados antes de sua utilização rotineira (YANG et al., 2025; NÉMETH; KOVÁCS, 2025). (APS Journals)

Referências

DUAN, Y. B. et al. Development and evaluation of a novel and rapid detection assay for Botrytis cinerea based on loop-mediated isothermal amplification. PLoS ONE, v. 9, n. 10, e111094, 2014. DOI: 10.1371/journal.pone.0111094. (PLOS)

GHOSH, R. et al. Development of loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for rapid detection of Fusarium oxysporum f. sp. ciceris – wilt pathogen of chickpea. BMC Research Notes, v. 8, art. 40, 2015. DOI: 10.1186/s13104-015-0997-z. (PubMed Central (PMC))

KHAN, M. et al. Evaluation of different PCR-based assays and LAMP method for rapid detection of Phytophthora infestans by targeting the Ypt1 gene. Frontiers in Microbiology, v. 8, art. 1920, 2017. DOI: 10.3389/fmicb.2017.01920. (Frontiers)

NÉMETH, M. Z.; KOVÁCS, G. M. A comprehensive guide to loop-mediated isothermal amplification, an emerging diagnostic tool for plant pathogenic fungi. Frontiers in Plant Science, v. 16, 1568657, 2025. DOI: 10.3389/fpls.2025.1568657. (Frontiers)

NOTOMI, T. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Research, v. 28, n. 12, e63, 2000. DOI: 10.1093/nar/28.12.e63. (PubMed Central (PMC))

SCHOCH, C. L. et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 109, n. 16, p. 6241–6246, 2012. (PubMed Central (PMC))

SI AMMOUR, M. et al. Development of real-time isothermal amplification assays for on-site detection of Phytophthora infestans in potato leaves. Plant Disease, v. 101, n. 7, p. 1269–1277, 2017. DOI: 10.1094/PDIS-12-16-1780-RE. (PubMed)

YANG, L. et al. Application of loop-mediated isothermal amplification in plant pathogen detection. Phytopathology, v. 115, n. 1, 2025. DOI: 10.1094/PHYTO-10-23-0391-KC. (APS Journals)

Referências complementares

NILSSON, R. H. et al. The UNITE database for molecular identification of fungi: handling dark taxa and parallel taxonomic classifications. Nucleic Acids Research, v. 47, n. D1, p. D259–D264, 2019. (PubMed Central (PMC))

NÉMETH e KOVÁCS (2025) é, atualmente, uma das referências mais úteis para uma aula ou capítulo sobre LAMP especificamente aplicada a fungos fitopatogênicos, porque reúne os princípios da técnica, desenho de primers, métodos de visualização, aplicações, limitações e uma compilação dos ensaios publicados para fungos e oomicetos. (PubMed Central (PMC))

Taxonomia dos fungos cercosporoides: evolução dos conceitos de Cercospora e diversidade atual de gêneros

Introdução

Os fungos cercosporoides constituem um conjunto diversificado de fungos filamentosos, predominantemente associados à família Mycosphaerellaceae, dentro de Dothideomycetes, Ascomycota. Muitos desses fungos estão associados a manchas foliares e outras doenças de plantas cultivadas, ornamentais e florestais. Entretanto, a expressão “fungos cercosporoides” não corresponde a uma categoria taxonômica formal equivalente a gênero ou família; trata-se principalmente de uma designação baseada em características morfológicas compartilhadas por diferentes linhagens. A compreensão atual desse grupo resulta de sucessivas revisões morfológicas e, principalmente, de estudos filogenéticos multilocus (VIDEIRA et al., 2017; GROENEWALD et al., 2024). (PubMed)

A taxonomia dos cercosporoides passou por profundas modificações nas últimas décadas porque os caracteres morfológicos tradicionalmente utilizados para separar os gêneros apresentaram, em diversos casos, baixa correspondência com as relações filogenéticas. Características como coloração e forma dos conídios, organização dos conidióforos, presença de cicatrizes conidiogênicas e características dos hilos podem ser úteis para a identificação, mas algumas delas evoluíram independentemente em linhagens distintas. Dessa maneira, organismos morfologicamente semelhantes podem pertencer a gêneros filogeneticamente distantes (BAKHSHI et al., 2015; VIDEIRA et al., 2017). (Phytotaxa)

De Cercospora sensu lato à classificação filogenética

Um dos principais motivos para a atual complexidade nomenclatural é a circunscrição historicamente ampla de Cercospora. Na monografia de Chupp, publicada em 1954, numerosas espécies de fungos cercosporoides foram acomodadas em Cercospora em sentido amplo. Posteriormente, estudos morfológicos demonstraram que vários conjuntos de espécies poderiam ser distinguidos com base em características dos conídios, conidióforos e estruturas conidiogênicas, levando ao reconhecimento de diversos gêneros (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

A utilização de dados moleculares modificou substancialmente essa interpretação. Estudos baseados em sequências de diferentes regiões do DNA demonstraram que alguns gêneros tradicionalmente delimitados por caracteres morfológicos não eram monofiléticos. Em outras palavras, espécies reunidas em determinado gênero pela aparência poderiam estar distribuídas em diferentes linhagens evolutivas. Essa constatação levou à revisão de conceitos genéricos e à criação, ressurgimento ou redefinição de diversos gêneros cercosporoides (VIDEIRA et al., 2017). (PubMed)

Um estudo particularmente importante foi realizado por Videira et al. (2017), que analisaram 415 isolados representando 297 táxons por meio de uma filogenia multilocus baseada principalmente em LSU, ITS e rpb2. O trabalho teve como um dos objetivos principais esclarecer as relações filogenéticas entre os gêneros de Mycosphaerellaceae e posicionar adequadamente os fungos cercosporoides dentro dessa diversidade. Os resultados demonstraram que a classificação baseada exclusivamente na morfologia não refletia adequadamente as relações evolutivas de vários grupos (VIDEIRA et al., 2017). (PubMed)

Por que a morfologia isoladamente não é suficiente?

A morfologia continua sendo indispensável para a taxonomia dos fungos cercosporoides, mas seu uso deve ser integrado aos dados moleculares. Bakhshi et al. (2015), por exemplo, demonstraram que um fungo morfologicamente semelhante a Cercospora coletado em Ammi majus agrupava filogeneticamente fora de Cercospora sensu stricto. A análise utilizou diferentes marcadores, incluindo LSU, ITS, ACT, TEF1-α e HIS, e levou à introdução do gênero Neocercospora. O estudo forneceu evidência direta de que características morfológicas consideradas típicas de Cercospora poderiam ter evoluído independentemente dentro de Mycosphaerellaceae (BAKHSHI et al., 2015). (Phytotaxa)

Esse fenômeno é particularmente importante porque demonstra a existência de homoplasia morfológica. Características semelhantes não necessariamente indicam ancestralidade comum recente. Assim, a observação microscópica de conidióforos e conídios pode indicar que determinado isolado pertence ao grupo dos cercosporoides, mas não necessariamente permite determinar com segurança o gênero ou a espécie (BAKHSHI et al., 2015; VIDEIRA et al., 2017). (Phytotaxa)

Cercospora atualmente

Cercospora permanece como um gênero taxonomicamente válido e fitopatologicamente importante, mas sua circunscrição atual é mais restrita que aquela utilizada em parte da literatura histórica. Consequentemente, o nome Cercospora encontrado em uma publicação antiga não deve ser automaticamente interpretado como equivalente ao conceito filogenético atual do gênero. A identificação histórica precisa ser analisada considerando a publicação original, a nomenclatura subsequente e os estudos filogenéticos disponíveis (VIDEIRA et al., 2017; GROENEWALD et al., 2024). (PubMed)

Essa questão é particularmente relevante em complexos de espécies de Cercospora, nos quais a morfologia pode apresentar grande sobreposição. Estudos contemporâneos utilizam combinações de marcadores moleculares e caracteres morfológicos para delimitar espécies, em vez de depender exclusivamente da aparência dos conídios ou dos conidióforos. Portanto, a determinação de Cercospora até espécie deve ser interpretada de acordo com a qualidade dos dados disponíveis para aquele complexo específico (BAKHSHI et al., 2015; VIDEIRA et al., 2017). (Phytotaxa)

Pseudocercospora: um gênero de grande diversidade

Pseudocercospora representa atualmente um dos principais gêneros de fungos cercosporoides associados a doenças de plantas. O gênero pertence à Mycosphaerellaceae e inclui espécies associadas a numerosos hospedeiros. Embora seus representantes apresentem morfologia cercosporoide, Pseudocercospora é tratado como um gênero distinto de Cercospora com base em evidências morfológicas e moleculares (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

A revisão de Groenewald et al. (2024) representa uma das avaliações recentes mais abrangentes de Pseudocercospora. O estudo empregou filogenia multigênica e dados morfológicos, examinando materiais associados a 413 espécies de hospedeiros, pertencentes a 297 gêneros e provenientes de 60 países. Foram descritas 29 espécies novas, além da designação de epítipos e lectótipo para nomes previamente estabelecidos (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

O estudo também evidencia uma questão importante para a taxonomia aplicada: mesmo depois de extensas análises filogenéticas, permanecem linhagens para as quais não existem evidências suficientes para estabelecer uma identificação específica definitiva. Portanto, a existência de uma sequência molecular semelhante a uma espécie conhecida não deve ser interpretada automaticamente como prova de identidade específica, principalmente quando não existem sequências confiáveis de material-tipo ou de culturas autenticadas para comparação (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

Passalora e a necessidade de redefinição de gêneros

Passalora constitui outro exemplo importante da transformação da taxonomia dos cercosporoides. O conceito tradicional de Passalora foi utilizado para acomodar numerosos fungos morfologicamente semelhantes, mas estudos moleculares demonstraram que o conceito amplo do gênero não correspondia a uma única linhagem evolutiva. A revisão de Mycosphaerellaceae conduzida por Videira et al. (2017) contribuiu para restringir e reorganizar vários grupos anteriormente associados a Passalora sensu lato (VIDEIRA et al., 2017). (PubMed)

A instabilidade histórica de Passalora não significa que o gênero tenha deixado de existir. O que mudou foi sua circunscrição taxonômica. Algumas espécies anteriormente classificadas em Passalora foram transferidas para outros gêneros quando análises filogenéticas demonstraram que suas relações evolutivas não eram compatíveis com a permanência naquele gênero (VIDEIRA et al., 2017). (PubMed)

Um exemplo recente é fornecido por Kreth et al. (2025), que reavaliaram Cercospora malkoffii, espécie anteriormente tratada como Passalora malkoffii. Utilizando ITS, LSU, calmodulina, tef1, tub2 e rpb2, os autores demonstraram que a espécie pertence filogeneticamente a Fusoidiella. Como consequência, foi proposta a nova combinação Fusoidiella malkoffii, acompanhada da designação de um epítipo e de testes de patogenicidade (KRETH et al., 2025). (PubMed Central (PMC))

Esse exemplo demonstra que mudanças taxonômicas não ocorrem apenas pela descoberta de espécies novas. Uma espécie já conhecida pode mudar de gênero quando novos dados filogenéticos demonstram que sua posição taxonômica anterior não representa adequadamente sua história evolutiva (KRETH et al., 2025; VIDEIRA et al., 2017). (PubMed Central (PMC))

Outros gêneros cercosporoides

A reorganização de Mycosphaerellaceae resultou no reconhecimento de diversos gêneros cercosporoides, incluindo Cercospora, Pseudocercospora, Passalora, Zasmidium, Ramularia e outros grupos que foram segregados ou redefinidos a partir de conceitos taxonômicos anteriores. A classificação desses organismos deve ser entendida como resultado de hipóteses filogenéticas sustentadas por diferentes conjuntos de caracteres, e não como uma simples divisão morfológica baseada no aspecto dos conídios (VIDEIRA et al., 2017). (PubMed)

A situação de Ramularia também ilustra a mudança provocada pela integração entre nomenclatura e filogenia. A eliminação progressiva da nomenclatura dual entre formas sexuadas e assexuadas levou à reorganização de nomes historicamente associados a Mycosphaerella, enquanto os estudos filogenéticos permitiram reconhecer relações entre diferentes morfos anteriormente tratados como entidades nomenclaturais independentes (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

Quais marcadores moleculares são utilizados?

A identificação molecular dos cercosporoides não depende de um único marcador universalmente suficiente para todos os grupos. O ITS é amplamente empregado em estudos de fungos, inclusive como marcador inicial, mas sua resolução pode ser insuficiente para separar espécies estreitamente relacionadas. Por essa razão, estudos taxonômicos de Mycosphaerellaceae frequentemente utilizam combinações de ITS com genes como actA, tef1, rpb2, tub2, cmdA, his3 ou outros marcadores, conforme o grupo analisado (VIDEIRA et al., 2017; GROENEWALD et al., 2024). (PubMed)

A escolha dos marcadores deve, portanto, ser orientada pela questão taxonômica. Um marcador adequado para uma triagem inicial pode não apresentar resolução suficiente para uma identificação em nível de espécie. A comparação deve ser feita preferencialmente com sequências provenientes de isolados autenticados, ex-tipos, epítipos ou outros materiais taxonomicamente bem caracterizados, evitando que uma identificação seja baseada simplesmente no maior percentual de identidade encontrado em um banco de sequências (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

O que isso significa para o diagnóstico fitopatológico?

Para o diagnóstico de doenças de plantas, a principal consequência dessas mudanças é que a identificação de um fungo com morfologia cercosporoide não deve ser automaticamente registrada como Cercospora sp.. A observação microscópica pode estabelecer uma hipótese diagnóstica, mas a determinação do gênero e, principalmente, da espécie deve considerar a combinação de morfologia, hospedeiro, características culturais quando disponíveis e dados moleculares e filogenéticos (BAKHSHI et al., 2015; VIDEIRA et al., 2017). (Phytotaxa)

Para um laboratório de Fitopatologia, uma estratégia taxonomicamente mais segura é trabalhar em níveis progressivos de identificação. O diagnóstico pode inicialmente registrar “fungo cercosporoide associado à mancha foliar”, avançando posteriormente para gênero e espécie quando existirem evidências morfológicas e moleculares suficientes. Essa abordagem evita atribuições específicas sem suporte e é especialmente importante em grupos nos quais existem complexos de espécies e elevada similaridade morfológica (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

Por que a taxonomia continua mudando?

A taxonomia dos cercosporoides permanece dinâmica porque novos isolados, novas sequências, novos materiais-tipo e novas análises filogenéticas continuam sendo incorporados. A revisão de Pseudocercospora publicada por Groenewald et al. (2024), por exemplo, acrescentou dezenas de espécies novas e demonstrou que ainda existem linhagens cuja posição específica não pode ser estabelecida com segurança. Isso indica que o conhecimento atual representa uma classificação em constante refinamento, e não um sistema completamente encerrado (GROENEWALD et al., 2024). (PubMed Central (PMC))

Assim, a principal mudança conceitual na taxonomia dos fungos cercosporoides foi a transição de uma classificação predominantemente baseada na morfologia para uma taxonomia integrativa, apoiada por morfologia, nomenclatura, dados moleculares e filogenia. O resultado foi a fragmentação de antigos conceitos amplos de Cercospora e Passalora e o reconhecimento de numerosos gêneros filogeneticamente mais coerentes (VIDEIRA et al., 2017; GROENEWALD et al., 2024). (PubMed)

Principais gêneros envolvidos

Gênero	Situação geral na taxonomia moderna	Principal questão taxonômica
Cercospora	Gênero válido	Circunscrição atual mais restrita que os conceitos históricos
Pseudocercospora	Gênero amplamente reconhecido	Elevada diversidade e numerosos complexos de espécies
Passalora	Gênero reconhecido em circunscrição restrita	O conceito Passalora s. lat. era filogeneticamente problemático
Nothopassalora	Gênero reconhecido	Resultante de reorganizações de espécies historicamente associadas a outros gêneros
Zasmidium	Gênero reconhecido	Circunscrições históricas foram revistas com dados moleculares
Ramularia	Gênero importante em Mycosphaerellaceae	Reorganização associada ao fim da nomenclatura dual
Neocercospora	Gênero estabelecido com base em filogenia	Demonstra que morfologia cercospora-like pode surgir em linhagens distintas
Fusoidiella	Gênero filogeneticamente reconhecido	Inclui espécies anteriormente tratadas em Passalora
Cercosporidium, Fulvia, Mycovellosiella e outros	Gêneros envolvidos na reorganização histórica	Representam linhagens que não devem ser agrupadas automaticamente em Cercospora

A tabela sintetiza os principais exemplos discutidos na literatura filogenética e não pretende representar todos os gêneros cercosporoides atualmente reconhecidos (VIDEIRA et al., 2017; GROENEWALD et al., 2024; KRETH et al., 2025). (PubMed)

Referências

BAKHSHI, M.; ARZANLOU, M.; BABAI-AHARI, A.; GROENEWALD, J. Z.; CROUS, P. W. Is morphology in Cercospora a reliable reflection of generic affinity? Phytotaxa, Auckland, v. 213, n. 1, p. 22–34, 2015. DOI: 10.11646/phytotaxa.213.1.2. (Phytotaxa)

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