A nova classificação dos vírus de plantas: entenda a nomenclatura binomial e as mudanças do ICTV

 

A nova classificação dos vírus de plantas: o que mudou com a nomenclatura binomial?

A taxonomia dos vírus de plantas vem passando por uma profunda transformação nas últimas décadas. O avanço do sequenciamento genômico, da filogenômica, da metagenômica e das ferramentas computacionais ampliou de forma expressiva o conhecimento sobre a diversidade viral e tornou necessária uma atualização contínua dos sistemas de classificação e nomenclatura.

Uma das mudanças mais importantes para a virologia contemporânea foi a adoção, pelo International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), da nomenclatura binomial para as espécies de vírus. A mudança foi ratificada em 2021 e vem sendo progressivamente incorporada às atualizações da taxonomia viral. É importante, entretanto, compreender que a nomenclatura binomial não significa simplesmente atribuir um "novo nome científico" a cada vírus. A principal mudança está na forma de denominar as espécies virais, enquanto os vírus, entendidos como entidades biológicas individuais, continuam possuindo seus próprios nomes e abreviações (SIDDELL et al., 2020; WALKER et al., 2021). (ICTV) 

Introdução

A classificação biológica tem como finalidade organizar a diversidade dos organismos e estabelecer uma linguagem comum para sua identificação e comunicação científica. No caso dos vírus, entretanto, essa tarefa apresenta particularidades importantes, pois os vírus não se enquadram simplesmente nos sistemas de classificação tradicionalmente desenvolvidos para organismos celulares.

Durante grande parte da história da virologia, os vírus foram frequentemente identificados por nomes associados à doença, ao hospedeiro ou ao local onde foram inicialmente detectados. Assim, expressões como potato virus Y, tomato spotted wilt virus e bean golden mosaic virus tornaram-se amplamente utilizadas na literatura científica e na comunicação entre pesquisadores. Esses nomes continuam sendo relevantes, mas não devem ser confundidos com os nomes formais das espécies reconhecidas pelo ICTV.

A necessidade de distinguir claramente vírus de espécie viral foi um dos principais fundamentos para a adoção da nomenclatura binomial. Em 2021, o ICTV ratificou a proposta de que os nomes das espécies virais passassem a possuir dois componentes, seguindo um sistema binomial próprio da virologia (WALKER et al., 2021). A regra atualmente incorporada ao Código Internacional de Classificação e Nomenclatura de Vírus estabelece que o nome de uma espécie seja constituído por dois componentes separados por espaço, sendo o primeiro correspondente ao gênero e o segundo o epíteto específico. (ICTV) 

Essa mudança possui consequências importantes para estudantes, pesquisadores, professores, profissionais de diagnóstico fitossanitário e autores de trabalhos científicos. A atualização da nomenclatura exige atenção especial porque o nome tradicional de um vírus pode não corresponder ao nome atualmente reconhecido para a espécie à qual esse vírus pertence.

O que é vírus e o que é espécie viral?

Um dos conceitos mais importantes para compreender a nova nomenclatura é diferenciar vírus de espécie viral.

O vírus é a entidade biológica que pode ser isolada, detectada, sequenciada e estudada experimentalmente. Já a espécie é uma categoria taxonômica utilizada para organizar um conjunto de vírus que compartilham características suficientes para serem classificados dentro da mesma unidade taxonômica.

O próprio Código do ICTV estabelece que cada vírus individual é uma entidade física que pertence a diferentes categorias taxonômicas hierarquicamente organizadas. A classificação obrigatória ocorre, no mínimo, nos níveis de espécie e gênero. (ICTV) 

Essa distinção pode ser representada de maneira simples:

Conceito	Exemplo	Função
Vírus	tomato spotted wilt virus	Nome utilizado para a entidade viral
Abreviação	TSWV	Forma abreviada do nome do vírus
Espécie	Orthotospovirus tomatomaculae	Unidade taxonômica
Gênero	Orthotospovirus	Categoria taxonômica
Família	Tospoviridae	Categoria taxonômica superior

Portanto, TSWV não é o nome da espécie. Trata-se da abreviação de tomato spotted wilt virus, enquanto Orthotospovirus tomatomaculae corresponde ao nome da espécie reconhecida atualmente pelo ICTV.

Essa distinção é fundamental para evitar uma interpretação equivocada de que o sistema binomial simplesmente substituiu todos os nomes tradicionais dos vírus.

Por que o ICTV adotou a nomenclatura binomial?

A proposta de nomenclatura binomial foi discutida formalmente pela comunidade internacional de virologia antes de sua adoção. Siddell et al. (2020) apresentaram a proposta de utilização de nomes binomiais para espécies virais, destacando a necessidade de uma nomenclatura mais consistente e capaz de acompanhar a expansão da taxonomia viral.

Posteriormente, Walker et al. (2021) documentaram as alterações ratificadas pelo ICTV no Código Internacional de Classificação e Nomenclatura de Vírus. A partir dessas alterações, a espécie passou a ter um nome formal composto por dois elementos.

A lógica é relativamente simples: o primeiro componente corresponde ao gênero ao qual a espécie pertence, enquanto o segundo componente funciona como epíteto específico. Assim, em:

Orthotospovirus tomatomaculae

• Orthotospovirus = gênero;

• tomatomaculae = epíteto específico;

• Orthotospovirus tomatomaculae = espécie.

O sistema, entretanto, possui regras próprias e não deve ser tratado simplesmente como uma reprodução automática da nomenclatura zoológica ou botânica. O ICTV possui um código independente de outras nomenclaturas biológicas e estabelece suas próprias regras para classificação e nomenclatura viral. (ICTV) 

Como escrever corretamente os nomes?

O Código do ICTV determina que os nomes dos táxons aceitos sejam grafados em itálico e iniciados com letra maiúscula. Para espécies, os dois componentes do nome devem ser apresentados em itálico, sendo o primeiro componente correspondente ao gênero. O ICTV também estabelece que nomes taxonômicos não devem ser abreviados. (ICTV) 

É necessário, portanto, diferenciar três situações:

Nome do vírus: tomato spotted wilt virus

Abreviação do vírus: TSWV

Nome da espécie: Orthotospovirus tomatomaculae

A abreviação TSWV pode ser utilizada quando nos referimos ao vírus. Já o nome formal da espécie deve ser escrito por extenso.

Esse princípio também explica por que não é adequado escrever uma espécie viral simplesmente como "TSWV" ou considerar TSWV uma abreviação do nome Orthotospovirus tomatomaculae. O ICTV deixa explícito que abreviações podem ser utilizadas para nomes de vírus, mas não substituem os nomes formais das espécies. (ICTV) 

A taxonomia viral tornou-se muito mais complexa

A mudança na nomenclatura binomial ocorre simultaneamente a uma expansão extraordinária da própria taxonomia viral.

A versão mais recente da Master Species List, denominada MSL41, corresponde à taxonomia 2025–2026 do ICTV e foi disponibilizada em março de 2026. Essa versão contém 10 reinos (realms), 11 reinos (kingdoms), 22 filos, 50 classes, 105 ordens, 427 famílias, 4.149 gêneros e 17.554 espécies, além de categorias intermediárias. (ICTV) 

Esses números mostram por que a atualização da taxonomia viral não pode ser compreendida apenas como uma alteração de nomes.

O sistema atualmente utiliza uma hierarquia que inclui:

Realm → Kingdom → Phylum → Class → Order → Family → Subfamily → Genus → Subgenus → Species

Nem todos os níveis precisam necessariamente ser utilizados em todos os grupos. O Código do ICTV estabelece que a classificação nos níveis de espécie e gênero é obrigatória, enquanto a atribuição de categorias superiores é facultativa quando justificável. (ICTV) 

A expansão da classificação está diretamente relacionada ao aumento da disponibilidade de sequências genômicas e de dados filogenéticos. O próprio Código determina que, para o estabelecimento de um táxon, devem existir informações suficientes para sua caracterização e diferenciação, incluindo, para espécies, uma sequência genômica representativa disponibilizada em bases integrantes da International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). (ICTV) 

O impacto da genômica na classificação dos vírus de plantas

Na fitovirologia, essa transformação é particularmente relevante.

A identificação tradicional de vírus frequentemente se apoiava em uma combinação de sintomas, gama de hospedeiros, propriedades biológicas, características da partícula viral, transmissão por vetores, sorologia e outras características fenotípicas.

Essas informações continuam importantes, mas o desenvolvimento do sequenciamento de nova geração e da análise filogenética permitiu incorporar uma quantidade muito maior de informação molecular à taxonomia.

O genoma viral passou a desempenhar papel central na delimitação e no relacionamento entre grupos virais. Como consequência, vírus anteriormente agrupados com base em características relativamente gerais podem ser redistribuídos em diferentes gêneros ou famílias quando novas evidências filogenéticas e genômicas são incorporadas.

O processo é dinâmico. A cada ciclo de atualização, o ICTV pode criar novas espécies, reorganizar gêneros e famílias, transferir táxons ou modificar nomes anteriormente utilizados.

Um exemplo importante ocorreu na atualização de 2025 da Plant Viruses Subcommittee. Foram criadas 206 novas espécies de vírus de plantas, além de novos táxons em níveis superiores. Também ocorreram reorganizações de gêneros e famílias e alterações de nomes para adequação ao formato binomial. Um exemplo foi a reorganização do gênero Cytorhabdovirus, cujos táxons foram redistribuídos em três novos gêneros: Alphacytorhabdovirus, Betacytorhabdovirus e Gammacytorhabdovirus (RUBINO et al., 2025). (microbiologyresearch.org) 

Esse processo demonstra que a taxonomia viral não é estática. Ela representa uma hipótese científica organizada sobre os relacionamentos entre os vírus e é continuamente revisada à medida que novas evidências são produzidas.

Exemplos importantes para a fitopatologia

A mudança fica mais clara quando analisamos vírus conhecidos na fitopatologia.

Potato virus Y

O conhecido potato virus Y, frequentemente abreviado como PVY, está atualmente associado à espécie Potyvirus yituberosi, pertencente ao gênero Potyvirus e à família Potyviridae.

Nesse caso:

Vírus: potato virus Y

Abreviação: PVY

Espécie: Potyvirus yituberosi

Gênero: Potyvirus

Família: Potyviridae

A diferença entre essas categorias deve ser preservada em textos científicos, aulas, diagnósticos e bancos de dados.

Tomato spotted wilt virus

Outro exemplo particularmente importante para a fitopatologia é o tomato spotted wilt virus, conhecido pela abreviação TSWV.

Atualmente, sua classificação inclui:

Vírus: tomato spotted wilt virus

Abreviação: TSWV

Espécie: Orthotospovirus tomatomaculae

Gênero: Orthotospovirus

Família: Tospoviridae

A atualização demonstra claramente a diferença entre o nome histórico do vírus e o nome formal da espécie.

A atualização de 2025 e 2026

A taxonomia viral continua sendo atualizada pelo ICTV. A publicação de Simmonds et al. (2026) descreve as alterações ratificadas em 2025 e mostra a magnitude desse processo: foram incorporadas 1.563 novas espécies, 243 gêneros, 55 famílias, 11 ordens e 8 classes, entre outras alterações taxonômicas. (Springer) 

Para os vírus de plantas, a atualização específica da Plant Viruses Subcommittee complementa essa visão geral, documentando as alterações aprovadas para esse grupo em 2025 (RUBINO et al., 2025). (microbiologyresearch.org) 

A consequência prática é direta: uma identificação realizada há alguns anos pode continuar biologicamente correta, mas a nomenclatura taxonômica utilizada para descrevê-la pode ter sido atualizada.

Por isso, pesquisadores e profissionais que trabalham com diagnóstico de doenças de plantas devem verificar a taxonomia vigente antes de publicar trabalhos, elaborar laudos, atualizar coleções de isolados, organizar bancos de dados ou preparar materiais didáticos.

O que muda para o diagnóstico de doenças de plantas?

A nova nomenclatura não altera necessariamente o resultado de um diagnóstico realizado em laboratório. O que muda é a forma como o agente viral deve ser comunicado dentro do sistema taxonômico atualizado.

Isso é particularmente importante em diagnósticos baseados em:

• RT-PCR;

• RT-qPCR;

• sequenciamento;

• metagenômica;

• NGS;

• análise filogenética;

• ELISA;

• microscopia eletrônica;

• indexação biológica;

• identificação de vetores;

• caracterização de hospedeiros.

Uma sequência identificada como pertencente a determinado vírus deve ser relacionada à classificação taxonômica vigente antes da redação do relatório ou artigo.

Nesse contexto, a nomenclatura não deve ser vista apenas como uma questão editorial. Ela influencia a recuperação de informações em bancos de dados, a integração entre estudos, a comparação de resultados históricos e a comunicação entre pesquisadores.

Como consultar a classificação atual?

O ICTV disponibiliza ferramentas específicas para acompanhar as mudanças taxonômicas. A principal delas é a Master Species List (MSL), que representa a lista oficial da taxonomia atualmente aprovada. A MSL é atualizada a cada nova versão ratificada pelo ICTV. (ICTV) 

Além da MSL, o ICTV disponibiliza ferramentas para localizar espécies a partir de nomes de vírus, abreviações, sinônimos e outras informações.

Para o pesquisador de fitopatologia, uma rotina recomendável é:

Nome utilizado na literatura → consulta ao ICTV → espécie atualmente aceita → gênero → família → conferência da literatura recente.

Esse procedimento reduz o risco de utilizar nomenclatura desatualizada.

Um cuidado importante: classificação não é sinônimo de nomenclatura

É importante fazer uma distinção conceitual.

A classificação organiza os vírus em categorias taxonômicas, como espécie, gênero, família, ordem e reino.

A nomenclatura estabelece os nomes utilizados para essas categorias.

Portanto, dizer que "os vírus agora possuem nomes binomiais" é uma simplificação. O que foi estabelecido pelo ICTV é um sistema binomial para os nomes das espécies virais.

A classificação viral, por sua vez, é muito mais ampla e envolve critérios filogenéticos, genômicos e biológicos que podem resultar na criação, fusão, divisão ou reorganização de táxons.

Essa diferença é especialmente importante no ensino de virologia e fitopatologia, porque evita que os estudantes interpretem a mudança como uma simples troca dos nomes tradicionais dos vírus.

Considerações finais

A adoção da nomenclatura binomial para espécies de vírus representa uma das mudanças mais importantes na comunicação taxonômica da virologia moderna. Entretanto, essa transformação deve ser compreendida dentro de um processo mais amplo de expansão e reorganização da taxonomia viral.

O principal ponto a ser assimilado é a distinção entre vírus e espécie viral. O vírus é a entidade biológica; a espécie é uma categoria taxonômica que agrupa vírus segundo critérios estabelecidos pelo ICTV.

Assim, nomes tradicionalmente conhecidos, como potato virus Y e tomato spotted wilt virus, continuam sendo utilizados para designar os vírus. Entretanto, suas respectivas espécies podem possuir nomes binomiais diferentes, como Potyvirus yituberosi e Orthotospovirus tomatomaculae.

Para a fitopatologia, essa atualização possui implicações práticas. Diagnósticos moleculares, bancos de dados, coleções de vírus, artigos científicos, dissertações, teses, relatórios técnicos e materiais didáticos precisam acompanhar as atualizações oficiais.

A taxonomia viral deve, portanto, ser entendida como um sistema dinâmico, baseado em evidências e continuamente revisado. Para pesquisadores e profissionais que trabalham com doenças de plantas, consultar periodicamente o ICTV e sua Master Species List tornou-se uma etapa importante da atualização científica.

Mais do que memorizar novos nomes, é necessário compreender a lógica do sistema: vírus, espécie, gênero e família são conceitos diferentes e devem ser empregados de maneira tecnicamente adequada.

Referências

As referências abaixo estão organizadas conforme a ABNT NBR 6023:2025, terceira edição da norma, publicada em 21 de maio de 2025, que substituiu a versão de 2018. Para citações em documentos, a norma atualmente aplicável é a ABNT NBR 10520:2023. (Bibliotecas UFU) 

INTERNATIONAL COMMITTEE ON TAXONOMY OF VIRUSES (ICTV). International Code of Virus Classification and Nomenclature. [S. l.]: ICTV, 2025. Disponível em: https://ictv.global/about/code. Acesso em: 20 set. 2026. (ICTV) 

INTERNATIONAL COMMITTEE ON TAXONOMY OF VIRUSES (ICTV). Master Species List 41: 2025–2026 virus taxonomy. [S. l.]: ICTV, 2026. DOI: 10.5281/zenodo.19154110. Disponível em: Master Species List do ICTV. Acesso em: 20 set. 2026. (ICTV) 

RUBINO, L. et al. Summary of taxonomy changes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses from the Plant Viruses Subcommittee, 2025. Journal of General Virology, v. 106, 002114, 2025. DOI: 10.1099/jgv.0.002114. Disponível em: Journal of General Virology. Acesso em: 20 set. 2026. (microbiologyresearch.org) 

SIDDELL, S. G. et al. Binomial nomenclature for virus species: a consultation. Archives of Virology, v. 165, p. 519–525, 2020. DOI: 10.1007/s00705-019-04477-6. (microbiologyresearch.org) 

SIMMONDS, P. et al. Changes to virus taxonomy, the international code of virus classification and nomenclature, and the ICTV statutes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2025). Archives of Virology, v. 171, art. 23, 2026. DOI: 10.1007/s00705-025-06485-1. Disponível em: Archives of Virology. Acesso em: 20 set. 2026. (Springer) 

WALKER, P. J. et al. Changes to virus taxonomy and to the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2021). Archives of Virology, v. 166, p. 2633–2648, 2021. DOI: 10.1007/s00705-021-05156-1. (microbiologyresearch.org) 

 

As mudanças na taxonomia das bactérias fitopatogênicas: da classificação tradicional à taxonomia baseada em genomas

Introdução

A taxonomia das bactérias fitopatogênicas está passando por uma transformação profunda. Durante décadas, a identificação e classificação desses microrganismos foram baseadas principalmente em características fenotípicas, bioquímicas, fisiológicas, sorológicas, patogênicas e, posteriormente, em marcadores moleculares como o gene 16S rRNA. Embora essas ferramentas continuem sendo importantes, o desenvolvimento do sequenciamento de genomas completos e da filogenômica trouxe uma resolução muito maior para estabelecer os limites entre espécies e reconstruir suas relações evolutivas.

Atualmente, a taxonomia bacteriana integra classificação, nomenclatura e identificação, utilizando conjuntamente dados fenotípicos, genéticos e filogenéticos. Nas bactérias fitopatogênicas, essa transformação tem provocado alterações importantes em gêneros, espécies, subespécies e grupos anteriormente definidos principalmente por hospedeiro ou patogenicidade (BULL et al., 2025). (APS Journals)

Isso significa que nomes encontrados em livros, artigos antigos, coleções de culturas, protocolos de diagnóstico e bancos de dados podem não corresponder à nomenclatura atualmente aceita. Um dos exemplos mais conhecidos é o grupo das bactérias anteriormente reunidas em Clavibacter michiganensis, mas há também mudanças importantes envolvendo Xanthomonas, Ralstonia, Pectobacterium, Dickeya e outros gêneros.

Para o profissional de Fitopatologia, compreender essas mudanças é fundamental. A atualização taxonômica não representa apenas uma questão de nomenclatura: ela pode interferir na interpretação de resultados de diagnóstico, na comparação de trabalhos científicos, na regulamentação fitossanitária e na comunicação entre laboratórios.

O que mudou na taxonomia das bactérias fitopatogênicas?

A principal transformação está na passagem de uma taxonomia predominantemente baseada em características fenotípicas para uma abordagem polifásica e cada vez mais orientada pela genômica.

Historicamente, uma bactéria fitopatogênica poderia ser caracterizada a partir de:

• morfologia celular e colonial;

• reação de Gram;

• produção de pigmentos;

• características bioquímicas;

• utilização de diferentes fontes de carbono;

• características fisiológicas;

• hospedeiros suscetíveis;

• sintomas produzidos;

• testes de patogenicidade;

• sorologia;

• perfil de proteínas;

• análise do gene 16S rRNA.

Esses métodos continuam tendo grande valor diagnóstico. Entretanto, o sequenciamento de genomas completos possibilitou comparar organismos em uma escala muito mais ampla.

Entre as ferramentas atualmente utilizadas estão ANI (Average Nucleotide Identity), dDDH (digital DNA–DNA hybridization), filogenômica baseada em genes conservados, análise de genomas acessórios, MLSA/MLST e comparação de conjuntos de genes ortólogos.

A quarta edição do Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria, publicada em 2025, destaca justamente essa evolução: abordagens baseadas em sequências e genomas completos aumentaram a resolução da delimitação de espécies e reduziram a dependência de métodos clássicos, como a hibridização DNA-DNA, para estabelecer relações taxonômicas (BULL et al., 2025). (APS Journals)

Taxonomia, nomenclatura e identificação não são a mesma coisa

Antes de analisar os exemplos, é importante separar três conceitos.

Identificação é o processo utilizado para determinar a identidade de uma bactéria isolada ou detectada em uma amostra.

Classificação é a organização dos organismos em categorias taxonômicas.

Nomenclatura é o sistema de atribuição e regulamentação dos nomes dos táxons.

Uma bactéria pode ser identificada molecularmente com elevada confiança e, ainda assim, o nome utilizado no relatório estar desatualizado.

Da mesma forma, a descoberta de que duas linhagens apresentam diferenças genômicas importantes pode levar à criação de uma nova espécie, mas isso não significa necessariamente que todo isolado anteriormente identificado pelo nome antigo esteja "errado". Em muitos casos, trata-se de uma atualização da interpretação taxonômica daquele grupo.

Essa distinção é particularmente importante em Fitopatologia porque os nomes dos agentes etiológicos aparecem simultaneamente em literatura científica, legislação, normas de diagnóstico, registros fitossanitários e bancos de dados.

A importância do genoma completo

O sequenciamento do genoma completo modificou significativamente a resolução disponível para a taxonomia bacteriana.

O gene 16S rRNA continua sendo extremamente útil para posicionar uma bactéria em níveis taxonômicos amplos e para estudos filogenéticos. Entretanto, em grupos de espécies estreitamente relacionadas, sua resolução pode ser insuficiente.

É nesse contexto que ferramentas como ANI e dDDH ganharam importância.

O ANI compara regiões homólogas entre dois genomas e fornece uma medida quantitativa de similaridade genômica.

O dDDH constitui uma aproximação computacional da antiga hibridização DNA-DNA e permite avaliar a proximidade genômica entre organismos.

Quando esses dados são combinados com filogenômica, características fenotípicas, ecologia, hospedeiros e outros dados, torna-se possível delimitar espécies com maior precisão.

Um exemplo particularmente claro ocorre no gênero Clavibacter, no qual análises de ANI, dDDH, MLSA e filogenômica contribuíram para a elevação de várias antigas subespécies ao nível de espécie (LI et al., 2018; ARIZALA et al., 2022). (PubMed Central (PMC))

O caso de Clavibacter: quando subespécies se tornam espécies

Poucos exemplos demonstram tão claramente o impacto da genômica quanto o complexo de Clavibacter michiganensis.

Durante muitos anos, diferentes bactérias fitopatogênicas foram agrupadas dentro da espécie:

Clavibacter michiganensis

e diferenciadas por subespécies.

Entre elas estavam organismos associados a doenças importantes de tomate, batata, alfafa, milho, trigo e feijoeiro.

Essa classificação começou a ser revista quando análises genômicas demonstraram que várias dessas linhagens apresentavam diferenças suficientes para justificar o reconhecimento como espécies distintas.

Estudos baseados em genomas completos, ANI, dDDH e MLSA forneceram evidências para elevar várias dessas subespécies à categoria de espécie (LI et al., 2018). (PubMed Central (PMC))

Posteriormente, estudos adicionais elevaram Clavibacter michiganensis subsp. californiensis a Clavibacter californiensis e reuniram linhagens anteriormente classificadas como C. michiganensis subsp. chilensis e C. michiganensis subsp. phaseoli em Clavibacter phaseoli (ARIZALA et al., 2022). (microbiologyresearch.org)

Consequentemente, o organismo tradicionalmente conhecido na Fitopatologia como:

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis

associado ao cancro bacteriano do tomate, passou a ser tratado, em bases taxonômicas e documentos fitossanitários atuais, simplesmente como:

Clavibacter michiganensis.

A própria base da EPPO registra essa mudança e explica que as antigas subespécies foram progressivamente elevadas ao nível de espécie, deixando C. michiganensis como a denominação aplicável ao patógeno do tomate. (EPPO Global Database)

Esse exemplo mostra que uma alteração taxonômica pode eliminar uma categoria que durante décadas foi utilizada rotineiramente em trabalhos fitopatológicos.

O caso de Xanthomonas: uma das maiores complexidades da bacteriologia fitopatológica

O gênero Xanthomonas apresenta um dos sistemas taxonômicos mais complexos entre as bactérias fitopatogênicas.

Historicamente, muitos grupos foram classificados principalmente com base no hospedeiro e na especificidade de patogenicidade, utilizando a categoria patovar, abreviada como pv.

O Código Internacional de Nomenclatura de Procariontes reconhece "pathovar" como um termo infrasubespecífico relacionado à resposta de doença em um ou mais hospedeiros. Portanto, patovar não é sinônimo de espécie. (ICSP)

Por isso:

Xanthomonas arboricola pv. pruni

não deve ser interpretado da mesma maneira que:

Xanthomonas arboricola.

O primeiro nome indica uma espécie associada a um determinado patovar; o segundo corresponde ao nível de espécie.

Essa diferença é essencial porque diferentes patovares podem apresentar graus distintos de especificidade de hospedeiro e de agressividade, enquanto pertencem à mesma espécie.

Xanthomonas translucens: quando a taxonomia baseada no hospedeiro não é suficiente

Um exemplo recente e muito didático é o complexo Xanthomonas translucens.

Durante muito tempo, diferentes grupos associados a gramíneas foram organizados principalmente como patovares. Entretanto, estudos genômicos demonstraram que algumas dessas divisões não correspondiam adequadamente às relações evolutivas.

Em 2024, Tambong et al. utilizaram uma abordagem taxonômica baseada em características fenotípicas, bioquímicas e, principalmente, dados de genoma completo. O estudo demonstrou a necessidade de reconhecer duas novas espécies:

Xanthomonas cerealis e Xanthomonas graminis.

Os autores destacaram que a taxonomia baseada exclusivamente em patovares no grupo X. translucens apresentava dificuldades devido à sobreposição de hospedeiros e à especificidade variável. Dados de ANI, dDDH e filogenômica sustentaram a nova organização taxonômica (TAMBONG et al., 2024). (microbiologyresearch.org)

Esse exemplo demonstra uma mudança conceitual importante:

O hospedeiro em que uma bactéria foi encontrada não é, isoladamente, um critério suficiente para definir sua posição taxonômica.

A informação sobre hospedeiro continua sendo biologicamente relevante, mas deve ser integrada a dados genômicos, filogenéticos, fenotípicos e epidemiológicos.

Xanthomonas citri e as mudanças nos nomes dos patógenos do feijoeiro

Outro exemplo importante envolve as bactérias causadoras de doenças bacterianas do feijoeiro.

Nomes como:

• Xanthomonas campestris pv. phaseoli;

• Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli;

• Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli;

• Xanthomonas citri pv. fuscans

podem aparecer na literatura em diferentes períodos.

A taxonomia atual reconhece, por exemplo, Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli e Xanthomonas citri pv. fuscans em posições específicas, e bases taxonômicas registram os nomes históricos como sinônimos ou combinações anteriores para determinados grupos/linhagens. (NCBI)

Essa situação é particularmente importante quando se consulta literatura histórica.

Um pesquisador pode encontrar um artigo utilizando Xanthomonas campestris pv. phaseoli, enquanto um banco de dados atual apresenta Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli. A diferença não significa necessariamente que sejam organismos diferentes; pode representar uma alteração de combinação nomenclatural.

Por isso, sinônimos taxonômicos são fundamentais para recuperar corretamente a literatura científica histórica.

O complexo Ralstonia solanacearum

Outro exemplo clássico da transformação da taxonomia bacteriana é o complexo Ralstonia solanacearum.

Durante muitos anos, numerosas linhagens foram tratadas como pertencentes a uma única espécie, Ralstonia solanacearum. Estudos filogenéticos e genômicos demonstraram posteriormente que esse agrupamento continha diferentes linhagens evolutivamente distintas.

Como consequência, passaram a ser reconhecidas entidades como:

Ralstonia solanacearum

Ralstonia pseudosolanacearum

Ralstonia syzygii

e subdivisões dentro do complexo.

A descrição de Ralstonia pseudosolanacearum foi baseada em uma revisão taxonômica polifásica do complexo, incorporando dados genéticos e características dos diferentes grupos (SAFNI et al., 2014). (LPSN)

Atualmente, a distinção entre essas espécies possui importância prática para o diagnóstico. A própria EPPO vem revisando seus padrões diagnósticos para contemplar conjuntamente R. solanacearum, R. pseudosolanacearum e R. syzygii, incluindo o desenvolvimento e a avaliação de métodos moleculares específicos. (Eppo)

Esse caso mostra uma consequência prática da taxonomia moderna: a mudança de espécie pode exigir a atualização dos métodos de diagnóstico.

Pectobacterium e Dickeya: quando o antigo gênero Erwinia deixou de representar um único grupo

Outro exemplo importante para a Fitopatologia envolve as bactérias causadoras de podridões moles.

Durante muito tempo, organismos desse grupo foram classificados dentro de Erwinia.

Posteriormente, análises taxonômicas demonstraram que o grupo era heterogêneo e levou à utilização de gêneros como Pectobacterium e Dickeya.

Um exemplo clássico é a bactéria historicamente denominada:

Erwinia chrysanthemi

que passou a ser reconhecida como:

Dickeya chrysanthemi.

A base LPSN registra Pectobacterium chrysanthemi como sinônimo e Dickeya chrysanthemi como o nome correto, resultado da transferência para o gênero Dickeya proposta por Samson et al. (2005). (LPSN)

Portanto, encontrar Erwinia chrysanthemi em um artigo antigo não significa necessariamente que o estudo esteja tratando de um organismo diferente daquele atualmente referido como Dickeya chrysanthemi.

O pesquisador precisa reconhecer a história nomenclatural para conectar corretamente as informações.

Xylella fastidiosa: espécie, subespécies e diversidade genética

Xylella fastidiosa constitui outro exemplo relevante para a Fitopatologia.

A espécie foi descrita como uma bactéria limitada ao xilema e de crescimento fastidioso. Atualmente, Xylella fastidiosa permanece reconhecida como espécie, mas possui uma estrutura taxonômica envolvendo subespécies.

A LPSN registra, entre outras, Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa e Xylella fastidiosa subsp. multiplex como nomes válidos, enquanto outros nomes históricos apresentam diferentes situações nomenclaturais. (LPSN)

Isso demonstra outro ponto importante: nem toda revisão taxonômica resulta na transformação de subespécies em espécies.

A decisão depende da evidência disponível e dos critérios aplicados à delimitação dos táxons.

Uma mudança que muitas vezes passa despercebida: Proteobacteria e Pseudomonadota

As mudanças recentes não ocorrem apenas no nível de espécie.

Uma alteração importante na nomenclatura bacteriana superior envolve o antigo filo Proteobacteria.

Com a incorporação do nível de filo às regras do Código Internacional de Nomenclatura de Procariontes, foram formalmente publicados novos nomes para diversos filos. Entre eles está:

Pseudomonadota

que corresponde ao grupo historicamente conhecido como "Proteobacteria".

O nome Pseudomonadota foi validamente publicado em 2021, tendo Pseudomonas como gênero-tipo. A LPSN atualmente registra Pseudomonadota como o nome correto e "Proteobacteria" como sinônimo sem posição nomenclatural válida segundo o ICNP. (LPSN)

Isso é particularmente relevante para quem trabalha com bactérias fitopatogênicas, porque vários importantes patógenos de plantas pertencem a esse grande agrupamento, incluindo representantes de:

• Pseudomonas;

• Xanthomonas;

• Ralstonia;

• Pectobacterium;

• Dickeya;

• Xylella.

Assim, em uma classificação taxonômica atual, pode-se encontrar, por exemplo:

Bacteria → Pseudomonadota → Gammaproteobacteria → ... → Xanthomonas

em vez da classificação tradicional que utilizava "Proteobacteria" no nível de filo. (LPSN)

O que é um patovar?

Essa é uma das questões que mais geram confusão em aulas de bacteriologia vegetal.

O patovar (pv.) é uma categoria infrasubespecífica utilizada para diferenciar grupos bacterianos com base em respostas de doença em um ou mais hospedeiros.

Portanto:

Xanthomonas arboricola

é uma espécie.

Xanthomonas arboricola pv. pruni

corresponde a uma designação que incorpora o patovar.

O patovar não deve ser interpretado como se fosse uma espécie independente.

O próprio Código de Nomenclatura de Procariontes lista pathovar entre os termos infrasubespecíficos, relacionados às respostas de doença em hospedeiros. (ICSP)

Esse conceito permanece particularmente importante para a bacteriologia vegetal porque a capacidade de causar doença em determinado hospedeiro continua sendo uma característica epidemiológica e fitopatológica relevante.

O que mudou foi a compreensão de que patogenicidade e taxonomia não são necessariamente equivalentes.

A taxonomia moderna não elimina os métodos clássicos

É importante evitar outra interpretação equivocada.

O avanço da genômica não significa que testes bioquímicos, características culturais, Gram, testes de patogenicidade ou características fenotípicas tenham perdido completamente sua importância.

Na identificação de bactérias fitopatogênicas, diferentes tipos de evidência podem ser complementares.

Um diagnóstico robusto pode combinar:

amostra vegetal → isolamento → características culturais → microscopia → testes bioquímicos → PCR/qPCR → sequenciamento → análise filogenética/filogenômica → confirmação taxonômica.

Em determinados contextos, ainda pode ser necessário demonstrar patogenicidade para estabelecer a relação causal entre a bactéria e a doença.

A taxonomia moderna, portanto, deve ser entendida como integração de evidências, e não como substituição absoluta de uma técnica por outra.

Por que essas mudanças são importantes para o diagnóstico fitopatológico?

A taxonomia tem consequências práticas muito além da nomenclatura.

Um nome taxonômico incorreto ou desatualizado pode dificultar:

• a comparação entre artigos científicos;

• a busca de sequências em bancos de dados;

• a construção de primers;

• a interpretação de resultados de PCR e qPCR;

• a identificação de isolados;

• a elaboração de laudos;

• a atualização de coleções bacterianas;

• a interpretação de normas fitossanitárias;

• a avaliação de risco de pragas;

• a comunicação entre laboratórios.

A EPPO, por exemplo, vem atualizando seus padrões diagnósticos justamente para acompanhar alterações taxonômicas e incorporar novos métodos moleculares. Em 2025, seu painel de bacteriologia discutiu revisões envolvendo Xanthomonas, Curtobacterium, Clavibacter, Ralstonia e outros grupos. (Eppo)

Isso mostra que a taxonomia não é apenas uma questão acadêmica. Ela está diretamente conectada à diagnose fitossanitária e à regulamentação agrícola.

Como o pesquisador deve lidar com nomes antigos?

Uma das melhores práticas é trabalhar com uma espécie de "memória taxonômica".

Ao encontrar um nome antigo em um artigo, não se deve simplesmente substituí-lo automaticamente pelo nome atual.

O procedimento mais seguro é:

nome encontrado na literatura → verificar sinônimos → verificar publicação da mudança → identificar o táxon atualmente aceito → conferir a linhagem ou estirpe estudada → relacionar o nome histórico ao nome atual.

Isso é particularmente importante quando se trabalha com literatura anterior à era da genômica.

Por exemplo, um trabalho pode mencionar Erwinia chrysanthemi, enquanto trabalhos atuais utilizam Dickeya chrysanthemi. A busca bibliográfica que considere apenas o nome atual poderá perder uma parcela significativa da literatura histórica.

Bases de dados são fundamentais

Para acompanhar a taxonomia bacteriana, algumas bases são especialmente úteis.

A LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature é uma das principais fontes para verificar situação nomenclatural, sinônimos, nomes corretos e histórico dos nomes.

O NCBI Taxonomy é extremamente útil para conectar nomes taxonômicos a sequências, genomas e registros biológicos, embora o próprio NCBI ressalte que sua taxonomia não constitui a autoridade nomenclatural definitiva. (NCBI)

A EPPO Global Database possui importância especial para Fitopatologia, pois relaciona informações taxonômicas a organismos regulamentados, hospedeiros, distribuição, diagnóstico e risco fitossanitário. (EPPO Global Database)

Para estudos genômicos, bases e ferramentas que utilizam ANI, dDDH, filogenômica e comparação de genomas também são cada vez mais relevantes.

Uma nova realidade para a microbiologia agrícola

A taxonomia bacteriana está entrando em uma fase na qual o genoma ocupa posição central na delimitação dos táxons.

Isso não significa que a bactéria deixou de ser um organismo que precisa ser estudado fenotipicamente. Significa que a taxonomia dispõe agora de uma quantidade de informação genética que não estava disponível para os pesquisadores responsáveis pelas classificações tradicionais.

Essa transformação também apresenta um desafio: a nomenclatura pode mudar mais rapidamente do que livros, apostilas, coleções, bancos de dados e protocolos são atualizados.

Um artigo de 2025 sobre nomenclatura procariótica destaca justamente o impacto prático das mudanças de nomes e a necessidade de mecanismos que reduzam problemas decorrentes da atualização nomenclatural na microbiologia aplicada. (microbiologyresearch.org)

Em outras palavras, a taxonomia moderna precisa equilibrar duas necessidades:

refletir adequadamente a história evolutiva dos organismos

e

manter estabilidade suficiente para permitir comunicação científica e aplicação prática.

Considerações finais

As mudanças na taxonomia das bactérias fitopatogênicas representam muito mais do que uma sucessão de novos nomes.

Elas refletem uma mudança na própria maneira de compreender a diversidade bacteriana.

A combinação de sequenciamento de genomas completos, ANI, dDDH, MLSA, filogenômica, características fenotípicas, ecologia, hospedeiros e patogenicidade permite delimitar espécies com uma resolução muito maior do que aquela disponível quando muitas das classificações tradicionais foram estabelecidas.

Os exemplos de Clavibacter, Xanthomonas, Ralstonia, Dickeya e Xylella mostram que grupos historicamente definidos de maneira relativamente ampla podem ser reorganizados quando novas evidências são incorporadas.

Para o fitopatologista, a principal consequência é a necessidade de manter uma visão histórica e contemporânea da nomenclatura. O nome encontrado em um artigo antigo deve ser relacionado ao nome atualmente aceito, mas sem apagar sua importância histórica.

Da mesma forma, categorias como espécie, subespécie e patovar não devem ser utilizadas como sinônimos. Cada uma possui significado taxonômico específico.

A tendência é que a taxonomia bacteriana continue sendo refinada à medida que novos genomas sejam sequenciados e novas abordagens filogenômicas sejam desenvolvidas. Por isso, a identificação de uma bactéria fitopatogênica não deve terminar com a obtenção de um nome: é necessário verificar qual é a posição taxonômica atual daquele organismo e qual é o nome nomenclaturalmente apropriado para o contexto em que ele está sendo utilizado.

Para a Fitopatologia moderna, essa capacidade de interpretar a história taxonômica de um patógeno é tão importante quanto saber isolá-lo, identificá-lo e demonstrar sua patogenicidade.

Referências

As referências abaixo foram organizadas considerando a ABNT NBR 6023:2025, atualmente vigente para elaboração de referências, e a ABNT NBR 10520:2023 para o sistema de citações.

ARIZALA, D. et al. Elevation of Clavibacter michiganensis subsp. californiensis to species level as Clavibacter californiensis sp. nov., merging and re-classification of Clavibacter michiganensis subsp. chilensis and Clavibacter michiganensis subsp. phaseoli as Clavibacter phaseoli sp. nov. based on complete genome in silico analyses. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 72, 005427, 2022. DOI: 10.1099/ijsem.0.005427. (microbiologyresearch.org)

BULL, C. T. et al. Taxonomy of plant pathogenic bacteria. In: JONES, J. B.; SUNDIN, G. W.; MILLER, S. A.; NEWBERRY, E. A.; SHARMA, A. (ed.). Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria. 4. ed. St. Paul: APS Press, 2025. p. 3–18. DOI: 10.1094/9780890546970.001. (APS Journals)

LI, X. et al. Re-classification of Clavibacter michiganensis subspecies on the basis of whole-genome and multi-locus sequence analyses. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 68, 2018. (PubMed Central (PMC))

OREN, A.; GARRITY, G. M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 71, 5056, 2021. DOI: 10.1099/ijsem.0.005056. (microbiologyresearch.org)

SAFNI, I. et al. Polyphasic taxonomic revision of the Ralstonia solanacearum species complex: proposal to emend the descriptions of Ralstonia solanacearum and Ralstonia syzygii and reclassify current R. syzygii strains as Ralstonia syzygii subsp. syzygii subsp. nov., R. solanacearum phylotype IV strains as Ralstonia syzygii subsp. indonesiensis subsp. nov., banana blood disease bacterium strains as Ralstonia syzygii subsp. celebesensis subsp. nov. and R. solanacearum phylotype I and III strains as Ralstonia pseudosolanacearum sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 64, p. 3087–3103, 2014. (LPSN)

SAMPSON, R. et al. Transfer of Pectobacterium chrysanthemi and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen. nov. as Dickeya chrysanthemi comb. nov. and Dickeya paradisiaca comb. nov. and delineation of four novel species. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 55, p. 1415–1427, 2005. (LPSN)

TAMBONG, J. T. et al. Taxonogenomic analysis of the Xanthomonas translucens complex leads to the descriptions of Xanthomonas cerealis sp. nov. and Xanthomonas graminis sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 19 set. 2024. DOI: 10.1099/ijsem.0.006523. (microbiologyresearch.org)

OREN, A. et al. Preparing the 2025 revision of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 75, 006666, 2025. DOI: 10.1099/ijsem.0.006666. (microbiologyresearch.org)

Bases de consulta taxonômica

EUROPEAN AND MEDITERRANEAN PLANT PROTECTION ORGANIZATION (EPPO). EPPO Global Database. Paris: EPPO, 2026. Disponível em: EPPO Global Database. Acesso em: 20 set. 2026. (EPPO Global Database)

LIST OF PROKARYOTIC NAMES WITH STANDING IN NOMENCLATURE (LPSN). List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Braunschweig: DSMZ, 2026. Disponível em: LPSN. Acesso em: 20 set. 2026. (LPSN)

NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI). Taxonomy. Bethesda: National Library of Medicine, 2026. Disponível em: NCBI Taxonomy. Acesso em: 20 set. 2026. (NCBI)

Taxonomia dos fungos e oomicetos fitopatogênicos: o que mudou com a biologia molecular e a filogenômica?

Introdução

A taxonomia dos organismos tradicionalmente estudados pela Micologia e pela Fitopatologia passou por uma transformação profunda nas últimas décadas. O desenvolvimento do sequenciamento de DNA, da filogenética multilocus, da filogenômica e da comparação de genomas modificou a compreensão das relações evolutivas entre numerosos organismos causadores de doenças de plantas. Consequentemente, diversos grupos anteriormente tratados como unidades taxonômicas amplas passaram por subdivisões, reorganizações ou mudanças de nomenclatura (HIBBETT et al., 2007; GRÄFENHAN et al., 2011; LUMBSCH; HUHNDORF, 2010). (Annual Reviews)

Essa transformação é particularmente importante porque os organismos tradicionalmente chamados de "fungos fitopatogênicos" não constituem necessariamente uma única linhagem evolutiva. Os fungos verdadeiros pertencem ao Reino Fungi, enquanto organismos de grande importância para a Fitopatologia, como Phytophthora, Pythium, Peronospora e Plasmopara, pertencem aos Oomycota, um grupo distinto dos fungos verdadeiros. Apesar dessa diferença evolutiva, os organismos tratados como fungos são abrangidos pelas regras específicas do Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Fungos e Plantas (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

A mudança mais importante, portanto, não consiste simplesmente na substituição de nomes antigos por nomes novos. O que ocorreu foi uma transformação nos critérios utilizados para reconhecer e delimitar espécies. Características morfológicas continuam importantes, mas passaram a ser analisadas conjuntamente com dados moleculares, filogenéticos, ecológicos, fisiológicos e, em muitos grupos, genômicos (HIBBETT et al., 2007; HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Fungos verdadeiros e oomicetos: uma distinção fundamental

Os fungos verdadeiros pertencem ao Reino Fungi e incluem numerosos agentes de doenças de plantas, como espécies de Fusarium, Colletotrichum, Alternaria, Botrytis, Sclerotinia, Puccinia e Ustilago. Esses grupos apresentam características celulares, bioquímicas e evolutivas próprias dos fungos e estão distribuídos principalmente entre filos como Ascomycota e Basidiomycota (HIBBETT et al., 2007). (Annual Reviews)

Os oomicetos, por outro lado, apresentam características que historicamente levaram à sua associação com os fungos, como crescimento filamentoso, produção de esporos e participação em processos semelhantes de infecção vegetal. Entretanto, estudos filogenéticos demonstraram que eles pertencem a uma linhagem distinta, relacionada aos Stramenopila. Entre os principais gêneros fitopatogênicos encontram-se Phytophthora, Pythium, Globisporangium, Phytopythium, Peronospora, Plasmopara e Pseudoperonospora (WANG; GOVERS; WANG, 2026). (Nature)

Essa distinção é importante porque a semelhança morfológica entre fungos e oomicetos representa um caso clássico de convergência evolutiva. Assim, embora os dois grupos sejam estudados conjuntamente em muitas disciplinas de Fitopatologia, não devem ser tratados como pertencentes ao mesmo grupo taxonômico (WANG; GOVERS; WANG, 2026). (Nature)

Da morfologia à filogenia molecular

Durante grande parte da história da Fitopatologia, a identificação dos fungos foi baseada principalmente em características morfológicas, como forma e dimensão dos esporos, estruturas reprodutivas, septação das hifas, características das colônias e estruturas especializadas. Esses caracteres continuam importantes, especialmente quando associados a informações ecológicas e epidemiológicas, mas podem apresentar limitações quando espécies próximas são morfologicamente semelhantes (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

A introdução das técnicas de biologia molecular permitiu incorporar informações diretamente relacionadas ao material genético dos organismos. O sequenciamento de regiões como o ITS, associado a outros marcadores, tornou-se uma ferramenta fundamental para identificação e filogenia de fungos, embora a resolução do ITS varie consideravelmente entre os diferentes grupos taxonômicos (SCHOCH et al., 2012; NILSSON et al., 2019). (Annual Reviews)

Em grupos taxonomicamente complexos, a utilização de múltiplos genes pode ser necessária para distinguir espécies estreitamente relacionadas. Dessa forma, métodos como filogenia multilocus, análise de genes ortólogos e filogenômica passaram a complementar ou, em determinados grupos, superar a resolução obtida por um único marcador molecular (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

O princípio "One Fungus, One Name"

Uma das mudanças mais importantes na nomenclatura micológica ocorreu com o abandono do sistema que permitia nomes independentes para diferentes estados morfológicos de um mesmo fungo. Historicamente, o estado sexual era denominado teleomorfo e o estado assexual, anamorfo, podendo cada fase receber um nome científico diferente. Essa situação produzia dificuldades consideráveis para a comunicação científica e para a identificação dos agentes etiológicos (HAWKSWORTH, 2011; HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

A partir das decisões tomadas no Congresso Internacional de Botânica de Melbourne, em 2011, foi adotado o princípio de um fungo, um nome, eliminando a possibilidade de manter dois nomes independentes para diferentes morfos de uma mesma espécie. Essa mudança teve grande impacto em gêneros de importância fitopatológica, nos quais os nomes de estados anamórficos e teleomórficos eram utilizados paralelamente (HAWKSWORTH, 2011). (Annual Reviews)

A consequência prática foi a necessidade de revisar numerosos nomes utilizados tradicionalmente em Fitopatologia. O processo de escolha do nome apropriado passou a considerar princípios de prioridade, tipificação, filogenia e conservação ou rejeição de determinados nomes, conforme estabelecido pelo Código Internacional de Nomenclatura (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

O caso de Fusarium

O gênero Fusarium representa um dos exemplos mais importantes da transformação taxonômica dos fungos fitopatogênicos. Durante décadas, determinados estados sexuais associados a espécies de Fusarium foram classificados em gêneros diferentes, como Gibberella, o que refletia a antiga possibilidade de utilização de nomes independentes para diferentes estados do ciclo de vida (HAWKSWORTH, 2011). (Annual Reviews)

Com a adoção do princípio "One Fungus, One Name", a nomenclatura passou a utilizar um único nome para cada espécie, exigindo a revisão de numerosas combinações tradicionalmente empregadas na literatura fitopatológica. A mudança foi acompanhada pelo desenvolvimento de filogenias moleculares que também revelaram uma diversidade muito maior dentro de grupos tradicionalmente tratados como Fusarium (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

O chamado complexo Fusarium solani é um exemplo particularmente importante. Estudos filogenéticos demonstraram que o agrupamento tradicional abrangia diversas linhagens e espécies, e parte dessa diversidade passou a ser tratada no gênero Neocosmospora, de acordo com o conceito taxonômico adotado para o grupo (SANDOVAL-DENIS; CANO-LIRA, 2019). (Annual Reviews)

Essa situação demonstra por que o nome encontrado em um artigo antigo não deve ser automaticamente interpretado como equivalente ao nome atualmente aceito. Para recuperar corretamente a literatura científica, é necessário conhecer os sinônimos e as combinações nomenclaturais históricas associadas ao organismo estudado (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Fusarium oxysporum: um complexo de espécies

Outro exemplo relevante é o complexo de espécies associado a Fusarium oxysporum. Durante muito tempo, diversos isolados fitopatogênicos foram reunidos em uma espécie extremamente ampla, muitas vezes diferenciados por formas especiais, raças ou hospedeiros (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

O desenvolvimento da filogenia molecular demonstrou que o complexo contém uma diversidade genética considerável e que diferentes linhagens podem apresentar histórias evolutivas distintas. Como consequência, estudos recentes passaram a reconhecer espécies distintas dentro de grupos anteriormente reunidos sob o nome F. oxysporum (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

Um exemplo importante é o agente associado à doença de Panamá da bananeira. Estudos filogenéticos e morfológicos contribuíram para o reconhecimento de Fusarium odoratissimum entre os grupos associados à doença de Panamá, incluindo isolados relacionados à denominada raça tropical 4 (TR4) (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

Esse exemplo demonstra a necessidade de separar conceitos como espécie, forma especial, raça fisiológica e linhagem. Uma raça fisiológica ou forma especial é uma categoria relacionada à biologia da interação patógeno–hospedeiro e não deve ser automaticamente interpretada como equivalente a uma espécie taxonômica (MARYANI et al., 2019). (Annual Reviews)

O caso de Colletotrichum

O gênero Colletotrichum constitui outro exemplo clássico da revolução provocada pela taxonomia molecular. Muitas espécies tradicionalmente identificadas com base em características morfológicas e hospedeiro revelaram-se complexos constituídos por múltiplas espécies filogeneticamente relacionadas (CANNON et al., 2012; HYDE et al., 2014). (Annual Reviews)

Entre os grupos mais importantes encontram-se os complexos de espécies Colletotrichum gloeosporioides, C. acutatum, C. truncatum e C. boninense. Dentro desses complexos, espécies diferentes podem apresentar elevada similaridade morfológica, tornando a identificação baseada exclusivamente em caracteres fenotípicos particularmente difícil (HYDE et al., 2014). (Annual Reviews)

A utilização de sequências associadas a espécimes-tipo tornou-se especialmente importante nesse contexto. Kennedy et al. (2022) demonstraram que sequências de referência corretamente associadas a material-tipo são essenciais para a identificação molecular confiável de espécies de Colletotrichum e para aplicações relacionadas à proteção de plantas. (Annual Reviews)

Por isso, uma sequência de ITS que apresente elevada similaridade com uma sequência depositada em um banco de dados não deve, isoladamente, ser interpretada como prova definitiva da identidade específica de um isolado. A confiabilidade depende da qualidade da sequência, da procedência do material de referência, da cobertura taxonômica e, quando necessário, da utilização de outros marcadores e análises filogenéticas (KENNEDY et al., 2022). (Annual Reviews)

O caso de Pythium

Entre os oomicetos, Pythium representa um dos exemplos mais expressivos de reorganização taxonômica. O gênero tradicionalmente reunia um grande número de espécies associadas a podridões radiculares, tombamento de plântulas, doenças de sementes e outros problemas agrícolas, mas análises filogenéticas demonstraram que o agrupamento era muito heterogêneo (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

O desenvolvimento de filogenias moleculares levou à reorganização de grupos anteriormente tratados como Pythium e à utilização de gêneros como Globisporangium e Phytopythium. Essa reorganização modificou diversos nomes encontrados em trabalhos de Fitopatologia publicados antes da consolidação da taxonomia molecular dos oomicetos (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

Assim, espécies anteriormente identificadas como Pythium podem atualmente pertencer a outros gêneros, dependendo do grupo taxonômico considerado. Essa mudança demonstra que o nome de um gênero encontrado em literatura histórica deve ser interpretado dentro do contexto taxonômico vigente no momento em que o trabalho foi publicado (LÉVESQUE; DE COCK, 2004). (Nature)

Phytophthora: uma taxonomia em expansão

O gênero Phytophthora possui importância central para a Fitopatologia por incluir agentes de doenças economicamente relevantes, como P. infestans, P. sojae, P. capsici, P. palmivora e P. nicotianae. A expansão do sequenciamento e das análises filogenéticas aumentou consideravelmente o conhecimento sobre a diversidade desse gênero (ABAD et al., 2023). (Nature)

Abad et al. (2023) realizaram uma revisão abrangente da taxonomia de Phytophthora, integrando características morfológicas e dados moleculares, além de revisar materiais-tipo e referências utilizadas para identificação das espécies. O trabalho representa uma importante tentativa de estabelecer uma estrutura taxonômica mais robusta para um dos grupos de maior importância fitopatológica (ABAD et al., 2023). (Nature)

A utilização de sequências associadas a materiais-tipo ou outros materiais nomenclaturalmente vinculados à espécie é particularmente importante para Phytophthora. Comparar um isolado desconhecido com uma sequência arbitrariamente depositada em um banco de dados pode produzir identificações incorretas quando o registro de referência estiver mal identificado ou representar um conceito taxonômico diferente (ABAD et al., 2023). (Nature)

Os míldios e a revisão das relações filogenéticas

Os agentes dos míldios pertencem aos Oomycota e incluem gêneros como Peronospora, Plasmopara, Pseudoperonospora, Bremia e Hyaloperonospora. A taxonomia desses organismos também foi profundamente modificada pela utilização de dados moleculares, que revelaram relações evolutivas nem sempre correspondentes às classificações morfológicas tradicionais (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

A especificidade de hospedeiro também possui papel importante na interpretação desses grupos. Estudos filogenéticos demonstraram que organismos morfologicamente semelhantes podem apresentar diferenças relevantes em suas relações evolutivas e em sua associação com determinados hospedeiros, contribuindo para o reconhecimento de espécies e linhagens distintas (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

O caso dos míldios demonstra, portanto, que características como hospedeiro, morfologia e sintomas continuam relevantes, mas não devem ser utilizadas isoladamente para estabelecer a identidade taxonômica de uma espécie. A integração de dados morfológicos e moleculares proporciona uma base mais robusta para a classificação desses organismos (THINES; CHOI, 2016). (Nature)

O novo Madrid Code

Uma atualização importante para a nomenclatura de fungos ocorreu em 2025 com a publicação do Madrid Code, atualmente a edição vigente do International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants. O Código foi publicado em 21 de julho de 2025 e substituiu o Shenzhen Code de 2018, incorporando as decisões do XX Congresso Internacional de Botânica realizado em Madrid em 2024 (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

O Código estabelece as regras internacionais para a nomenclatura dos organismos abrangidos por seu escopo. No caso dos organismos tratados como fungos, existe ainda um capítulo específico, denominado Chapter F, cuja versão atual foi atualizada no Congresso Internacional de Micologia realizado em Maastricht em 2024 (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

É importante destacar que o fato de os oomicetos serem contemplados no sistema de nomenclatura associado ao Código não significa que eles sejam classificados evolutivamente como fungos verdadeiros. A nomenclatura e a classificação filogenética são conceitos relacionados, mas não equivalentes (TURLAND et al., 2025; WANG; GOVERS; WANG, 2026). (IAPT)

Por que essas mudanças são importantes para o diagnóstico fitopatológico?

A atualização taxonômica possui consequências práticas para laboratórios de diagnóstico. Alterações de gênero ou espécie podem modificar a interpretação de resultados de sequenciamento, a escolha de sequências de referência, a construção de bancos de dados e a recuperação da literatura científica associada a determinado patógeno (HAWKSWORTH et al., 2015; KENNEDY et al., 2022). (Annual Reviews)

Em um diagnóstico molecular, por exemplo, não é suficiente obter uma sequência e realizar uma busca de similaridade. É necessário avaliar a qualidade da sequência, a identidade taxonômica das referências utilizadas, a associação das sequências aos materiais-tipo e a posição do isolado em uma filogenia adequada ao grupo estudado (KENNEDY et al., 2022; ABAD et al., 2023). (Nature)

Uma abordagem contemporânea pode ser representada pela sequência sintoma → hospedeiro → observação microscópica → isolamento → caracterização morfológica → extração de DNA → marcador molecular apropriado → comparação com referências confiáveis → filogenia → consulta à nomenclatura atual. A integração dessas etapas reduz o risco de atribuir um nome taxonômico inadequado ao organismo diagnosticado (HAWKSWORTH et al., 2015; ABAD et al., 2023). (Nature)

Como interpretar nomes antigos?

A existência de nomes históricos diferentes para um mesmo organismo é uma consequência natural da evolução da taxonomia. Um artigo antigo pode utilizar um nome que posteriormente foi transferido para outro gênero, considerado sinônimo ou substituído após a revisão do conceito da espécie (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Por essa razão, a leitura da literatura fitopatológica exige atenção aos sinônimos taxonômicos. Ao encontrar um nome antigo, o pesquisador deve verificar sua situação nomenclatural atual e, quando necessário, utilizar simultaneamente o nome histórico e o nome atualmente aceito para recuperar adequadamente a literatura científica (TURLAND et al., 2025). (IAPT)

Bases de dados taxonômicas

A utilização de bases de dados especializadas tornou-se fundamental para acompanhar as mudanças taxonômicas. Para fungos, recursos como MycoBank, Index Fungorum, Species Fungorum e UNITE fornecem informações complementares sobre nomenclatura, espécies, sinônimos e sequências utilizadas na identificação molecular (HAWKSWORTH et al., 2015). (Annual Reviews)

Para os oomicetos, especialmente Phytophthora, bases e recursos especializados são igualmente importantes, pois permitem relacionar nomes taxonômicos a isolados, sequências, materiais-tipo e estudos filogenéticos. A revisão de Abad et al. (2023) destaca justamente a importância de referências moleculares confiáveis para a identificação das espécies de Phytophthora (ABAD et al., 2023). (Nature)

Considerações finais

As mudanças na taxonomia dos fungos e oomicetos fitopatogênicos representam uma transformação científica muito mais profunda do que uma simples alteração de nomes. Elas refletem a incorporação de novas evidências evolutivas, principalmente provenientes da biologia molecular, da filogenética multilocus e da filogenômica (HAWKSWORTH et al., 2015; TURLAND et al., 2025). (Annual Reviews)

Os exemplos de Fusarium, Colletotrichum, Pythium, Phytophthora e dos míldios demonstram que grupos tradicionalmente definidos com base em morfologia, hospedeiro ou características fisiológicas podem apresentar diversidade evolutiva muito maior do que aquela reconhecida originalmente (ABAD et al., 2023; KENNEDY et al., 2022; THINES; CHOI, 2016). (Nature)

Para a Fitopatologia moderna, a identificação de um agente etiológico deve, portanto, ser acompanhada da verificação de seu posicionamento taxonômico atual. Isso exige integração entre características morfológicas, informações sobre o hospedeiro, dados moleculares, filogenia e consulta a fontes nomenclaturais atualizadas (HAWKSWORTH et al., 2015; ABAD et al., 2023). (Nature)

A principal mudança de paradigma pode ser resumida da seguinte maneira: não basta mais perguntar qual é o nome tradicional do patógeno; é necessário determinar qual conceito taxonômico é atualmente aceito, quais evidências sustentam sua identidade e quais nomes históricos devem ser considerados para interpretar corretamente a literatura científica (TURLAND et al., 2025; KENNEDY et al., 2022). (IAPT)

Referências

ABAD, Z. G. et al. Phytophthora: taxonomic and phylogenetic revision of the genus. Studies in Mycology, v. 106, p. 259–348, 2023. DOI: 10.3114/sim.2023.106.05. (Nature)

HAWKSWORTH, D. L. A new dawn for the naming of fungi: impacts of decisions made in Melbourne in July 2011 on the future publication and regulation of fungal names. IMA Fungus, v. 2, n. 2, p. 155–162, 2011. (Annual Reviews)

HAWKSWORTH, D. L. et al. Identifying and naming plant-pathogenic fungi: past, present, and future. Annual Review of Phytopathology, v. 53, p. 247–267, 2015. DOI: 10.1146/annurev-phyto-080614-120245. (Annual Reviews)

KENNEDY, A. H. et al. Publicly available and validated DNA reference sequences are critical to fungal identification and global plant protection efforts: a use-case in Colletotrichum. Plant Disease, v. 106, n. 6, p. 1573–1596, 2022. DOI: 10.1094/PDIS-09-21-2083-SR. (Annual Reviews)

LÉVESQUE, C. A.; DE COCK, A. W. A. M. Molecular phylogeny and taxonomy of the genus Pythium. Mycological Research, v. 108, n. 12, p. 1363–1383, 2004. (Nature)

MARYANI, N. et al. New endemic Fusarium species hitch-hiking with pathogenic Fusarium strains causing Panama disease in small-holder banana plots in Indonesia. Persoonia, v. 43, p. 48–69, 2019. (Annual Reviews)

SCHOCH, C. L. et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 109, n. 16, p. 6241–6246, 2012. (Annual Reviews)

THINES, M.; CHOI, Y.-J. Evolution, diversity, and taxonomy of the Peronosporaceae, with focus on the genus Peronospora. Phytopathology, v. 106, n. 1, p. 6–20, 2016. DOI: 10.1094/PHYTO-05-15-0127-RVW. (Nature)

TURLAND, N. J. et al. (ed.). International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Madrid Code). Regnum Vegetabile, v. 162. [S. l.]: International Association for Plant Taxonomy; University of Chicago Press, 2025. DOI: 10.7208/chicago/9780226839479.001.0001. (IAPT)

WANG, Y.; GOVERS, F.; WANG, Y. Oomycete plant pathogens: biology, pathogenesis and emerging control strategies. Nature Reviews Microbiology, v. 24, p. 270–287, 2026. DOI: 10.1038/s41579-025-01248-w. (Nature)